หลายพื้นที่ประสบอุทกภัยและเริ่มมีปัญหาน้ำเน่าเสีย แบ่งเป็นบ่อกำจัดขยะที่ถูกน้ำท่วม น้ำเน่าเสียใกล้เขตชุมชน และน้ำเน่าเสียในพื้นที่เกษตรกรรม ซึ่งกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจะร่วมกับกองทัพไทยและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเร่งแก้ไขปัญหาให้แล้วเสร็จภายใน 15 วัน โดยขณะนี้มีพื้นที่น้ำเน่าเสียในภาคกลาง 13 จังหวัด และพื้นที่วิกฤตคือ อ.พระนครศรีอยุธยา จ.อ่างทอง และ จ.สระบุรี ส่วนพื้นที่ที่น่าเป็นห่วงคือพื้นที่ปิดล้อม โดยเฉพาะนิคมอุตสาหกรรมที่มีการป้องกันไม่ให้สารเคมีรั่วไหล แต่กลับทำให้เกิดน้ำขังจนเน่าเสีย ซึ่งเจ้าหน้าที่นำจุลินทรีย์บำบัดหย่อนลงไปในพื้นที่ดังกล่าวแล้ว หลังจากนี้กรมควบคุมมลพิษจะติดตามค่าออกซิเจนในน้ำ และติดตามประสิทธิภาพของจุลินทรีย์บำบัดในพื้นที่ที่ดำเนินการไปแล้วอย่างใกล้ชิด
นอกจากนี้ยังมีพื้นที่ที่น้ำท่วมภาคตะวันออกเฉียงเหนือที่มีปัญหาน้ำเน่าเสียแล้ว แต่ไม่ถึงขั้นวิกฤต ซึ่งต้องเร่งแก้ไขไม่ให้แพร่กระจายไปพื้นที่อื่น
นอกจากนี้ยังมีพื้นที่ที่น้ำท่วมภาคตะวันออกเฉียงเหนือที่มีปัญหาน้ำเน่าเสียแล้ว แต่ไม่ถึงขั้นวิกฤต ซึ่งต้องเร่งแก้ไขไม่ให้แพร่กระจายไปพื้นที่อื่น