หลังจาก พล.อ.จงศักดิ์ พานิชกุล ยื่นใบลาออกจากการรับราชการในตำแหน่งประธานที่ปรึกษารัฐมนตรีกลาโหม โดยมีผลตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม 2553 แม้ว่าจะมีอายุราชการถึงเดือนกันยายน 2553 โดยกล่าวว่าได้รับการทาบทามจากพรรคเพื่อไทย ให้มาช่วยงานการเมืองในพรรค และรู้สึกไม่สบายใจต่อการที่กลุ่มการเมืองต่างๆนำเรื่องสถาบันสุงสุดเข้ามาเกี่ยวข้องในการเคลื่อนไหวทางการเมือง ซึ่งเป็นเรื่องที่ควรจะได้มีการทบทวน
พล.อ.จงศักดิ์ เป็นอดีตนักเรียนเตรียมทหารรุ่น 9 มีความใกล้ชิดกับ พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรี กล่าวว่าก่อนลาออกได้เข้าพบ พล.อ.ประวิตร วงษ์สุวรรณ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม โดยได้ชี้แจงให้ทราบถึงเหตุผลในการลาออก เนื่องจากได้รับการทาบทามให้มาทำงานกับเอกชนที่ได้รับผลตอบแทนค่อนข้างมาก ทำให้ตัดสินใจลาออกจากราชการก่อน เพราะเห็นว่าไม่สามารถรับเงิน 2 ทางได้ ยืนยันไม่ได้เกิดจากสาเหตุความขัดแย้ง หรือความไม่พอใจในการทำงาน และยังมีความรักและความเคารพ ความเข้าใจดีต่อรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม
พล.อ.จงศักดิ์ เป็นอดีตนักเรียนเตรียมทหารรุ่น 9 มีความใกล้ชิดกับ พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรี กล่าวว่าก่อนลาออกได้เข้าพบ พล.อ.ประวิตร วงษ์สุวรรณ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม โดยได้ชี้แจงให้ทราบถึงเหตุผลในการลาออก เนื่องจากได้รับการทาบทามให้มาทำงานกับเอกชนที่ได้รับผลตอบแทนค่อนข้างมาก ทำให้ตัดสินใจลาออกจากราชการก่อน เพราะเห็นว่าไม่สามารถรับเงิน 2 ทางได้ ยืนยันไม่ได้เกิดจากสาเหตุความขัดแย้ง หรือความไม่พอใจในการทำงาน และยังมีความรักและความเคารพ ความเข้าใจดีต่อรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม
