รัฐบาลญี่ปุ่นเตือนโรงเรียนทั่วประเทศเตรียมรับสถานการณ์แพร่ระบาดของไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 ครั้งใหม่ เนื่องจากโรงเรียนส่วนใหญ่ต่างเริ่มเปิดเรียนเทอมใหม่ และจากประวัติที่ผ่านมาการแพร่ระบาดกว่าครึ่งหนึ่งจะพบในโรงเรียนระดับประถมและมัธยม ดังนั้นทางกระทรวงสาธารณสุขและกระทรวงศึกษาของญี่ปุ่น จึงเรียกร้องให้โรงเรียนต่างๆ ได้ใส่ใจในเรื่องสุขภาพของนักเรียนและบุคลากรในโรงเรียน หากพบการแพร่ระบาดก็ให้ปฏิบัติตามคำแนะนำของศูนย์อนามัยประจำภูมิภาค ซึ่งรวมไปถึงการหยุดการเรียนการสอน หรือปิดโรงเรียนชั่วคราว