พล.ต.ธีระชัย นาควานิช ผู้บัญชาการกองกำลังเฉพาะกิจนราธิวาส ที่รับผิดชอบปัญหาความมั่นคงใน จ.นราธิวาส เปิดเผยถึงผลสอบสวนของเจ้าหน้าที่ ถึงผู้ต้องสงสัยที่อยู่เบื้องหลังเหตุร้ายยิงมัสยิดอัลฟุรกอนว่า อาจจะมีสาเหตุมาจากความขัดแย้งในพื้นที่ เนื่องจากก่อนหน้านี้มีปัญหาของการสร้างมัสยิดอัลฟุรกอน ที่อาจสร้างความไม่พอใจให้กับกลุ่มที่ก่อเหตุร้าย ซึ่งเป็นชาวบ้านในพื้นที่ และมีชาวบ้านจากพื้นที่ใกล้เคียงมาร่วมในการก่อเหตุด้วย โดยเจ้าหน้าที่ได้ข้อมูลจากการสอบสวนพยานที่เป็นชาวบ้านจำนวนหนึ่ง
นอกจากนี้ ผู้ใหญ่บ้านของหมู่บ้านไอร์ปาแย กล่าวด้วยความมั่นใจว่า เหตุร้ายที่เกิดขึ้นเป็นการกระทำของกลุ่มคนที่ต้องการสร้างความแตกแยกในพื้นที่ และไม่เชื่อว่า เป็นการกระทำของเจ้าหน้าที่รัฐ
พล.ต.ธีระชัย กล่าวว่า ทางผู้ใหญ่บ้านได้เล่าให้ฟังถึงความพยายามจากคนนอก ที่ต้องการเข้ามาชุมนุมในหมู่บ้าน หลังเกิดเหตุร้าย เพื่อสร้างความขัดแย้งในพื้นที่ แต่ถูกคัดค้านจากชาวบ้านไอร์ปาแย
นายนัจมุดดีน อูมา ส.ส.นราธิวาส พรรคมาตุภูมิ แสดงความกังวลถึงเหตุร้ายที่เกิดขึ้น ว่าอาจจะเป็นน้ำผึ้งหยดเดียว หากเจ้าหน้าที่รัฐไม่ทำให้กระจ่างในเรื่องที่เกิดขึ้น และยอมรับว่า ชาวบ้านในพื้นที่ส่วนหนึ่งตั้งข้อสงสัยว่ากลุ่มคนติดอาวุธที่ได้รับการฝึกจากเจ้าหน้าที่รัฐที่อยู่ในหมู่บ้านใกล้เคียง อาจมีส่วนเกี่ยวข้องกับเหตุร้ายที่เกิดขึ้น และเห็นว่าเจ้าหน้าที่ควรทำให้กระจ่างในเรื่องดังกล่าว
ขณะที่กลุ่มเพื่อน ส.ว.3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ นำโดย นายวรวิทย์ บาลู ส.ส.ปัตตานี เรียกร้องให้รัฐบาลตั้งกรรมการอิสระร่วมในการตรวจสอบข้อเท็จจริง เพื่อสร้างความเชื่อมั่นกับประชาชนในพื้นที่
ทางด้านนายตวง อันทะไชย ส.ว.สรรหา กล่าวว่า รัฐบาลควรเร่งรัดในการออก พ.ร.บ.การบริหารราชการในจังหวัดชายแดนภาคใต้ เพื่อตั้งสำนักงานบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ มาทำหน้าที่แทนศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ ที่ปัจจุบันอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของกองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายใน และควรให้มีการทบทวนกฎหมายที่ใช้ควบคุมสถานการณ์ในพื้นที่ปัจจุบัน เช่น พ.ร.ก.ฉุกเฉิน และกฎอัยการศึก เนื่องจากเห็นว่าไม่ช่วยทำให้สถานการณ์ในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ดีขึ้น
นอกจากนี้ ผู้ใหญ่บ้านของหมู่บ้านไอร์ปาแย กล่าวด้วยความมั่นใจว่า เหตุร้ายที่เกิดขึ้นเป็นการกระทำของกลุ่มคนที่ต้องการสร้างความแตกแยกในพื้นที่ และไม่เชื่อว่า เป็นการกระทำของเจ้าหน้าที่รัฐ
พล.ต.ธีระชัย กล่าวว่า ทางผู้ใหญ่บ้านได้เล่าให้ฟังถึงความพยายามจากคนนอก ที่ต้องการเข้ามาชุมนุมในหมู่บ้าน หลังเกิดเหตุร้าย เพื่อสร้างความขัดแย้งในพื้นที่ แต่ถูกคัดค้านจากชาวบ้านไอร์ปาแย
นายนัจมุดดีน อูมา ส.ส.นราธิวาส พรรคมาตุภูมิ แสดงความกังวลถึงเหตุร้ายที่เกิดขึ้น ว่าอาจจะเป็นน้ำผึ้งหยดเดียว หากเจ้าหน้าที่รัฐไม่ทำให้กระจ่างในเรื่องที่เกิดขึ้น และยอมรับว่า ชาวบ้านในพื้นที่ส่วนหนึ่งตั้งข้อสงสัยว่ากลุ่มคนติดอาวุธที่ได้รับการฝึกจากเจ้าหน้าที่รัฐที่อยู่ในหมู่บ้านใกล้เคียง อาจมีส่วนเกี่ยวข้องกับเหตุร้ายที่เกิดขึ้น และเห็นว่าเจ้าหน้าที่ควรทำให้กระจ่างในเรื่องดังกล่าว
ขณะที่กลุ่มเพื่อน ส.ว.3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ นำโดย นายวรวิทย์ บาลู ส.ส.ปัตตานี เรียกร้องให้รัฐบาลตั้งกรรมการอิสระร่วมในการตรวจสอบข้อเท็จจริง เพื่อสร้างความเชื่อมั่นกับประชาชนในพื้นที่
ทางด้านนายตวง อันทะไชย ส.ว.สรรหา กล่าวว่า รัฐบาลควรเร่งรัดในการออก พ.ร.บ.การบริหารราชการในจังหวัดชายแดนภาคใต้ เพื่อตั้งสำนักงานบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ มาทำหน้าที่แทนศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ ที่ปัจจุบันอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของกองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายใน และควรให้มีการทบทวนกฎหมายที่ใช้ควบคุมสถานการณ์ในพื้นที่ปัจจุบัน เช่น พ.ร.ก.ฉุกเฉิน และกฎอัยการศึก เนื่องจากเห็นว่าไม่ช่วยทำให้สถานการณ์ในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ดีขึ้น