พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระนคร นับเป็นพิพิธภัณฑสถานสำหรับประชาชนแห่งแรกของประเทศไทยซึ่งตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2402 แต่เดิมเป็น "พระราชวังบวรสถานมงคล" หรือวังหน้าซึ่งประกอบด้วยพระที่นั่งและพระตำหนักอันนับเป็นสถาปัตยกรรมไทยที่งดงามอีกแห่งหนึ่ง
ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 ได้ทรงจัดตั้งพิพิธภัณฑ์ส่วนพระองค์ขึ้นที่ พระที่นั่งประพาสพิพิธภัณฑ์ ซึ่งทรงโปรดเกล้าฯ ให้สร้างขึ้นในพระบรมมหาราชวัง เพื่อเก็บรักษาโบราณวัตถุ ศิลปวัตถุ ซึ่งเป็นเครื่องราชบรรณาการต่างๆ นับว่าเป็นบ่อเกิดของพิพิธภัณฑ์ในสมัยต่อมา
ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 โปรดเกล้าฯ ให้จัดตั้ง "มิวเซียม" ณ ศาลาสหทัยสมาคม หรือหอคองคอเดียในพระบรมมหาราชวัง เปิดให้ประชาชนเข้าชมเป็นครั้งแรก เนื่องในวโรกาสเแลิมพระชนมายุครบ 21 พรรษา เมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2417
ต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2430 กรมพระราชวังบวรวิชัยชาญ ทิวงคต จึงได้มีประกาศยกเลิกตำแหน่งพระอุปราช ทำให้สถานที่ในพระราชวังบวรสถานมงคลว่างลง พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงโปรดเกล้าฯ ให้ย้ายพิพิธภัณฑสถานจากหอคองคอเดียไปตั้งจัดแสดงที่พระราชวังบวรสถานมงคลเฉพาะด้านหน้า 3 องค์ โดยใช้พระที่ นั่งด้านหน้าคือ พระที่นั่งศิวโมกขพิมาน พระที่นั่งพุทไธสวรรย์ และพระที่นั่งอิศราวินิจฉัย เรียกว่า "พิพิธภัณฑ์วังหน้า"
ต่อมาในปี พ.ศ. 2469 พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 7 โปรดเกล้าฯ พระราชทานพระราชมณเฑียรในพระราชวังบวรสถานมงคลทั้งหมดให้จัดตั้งเป็นพิพิธภัณฑสถานสำหรับพระนครขึ้น และได้จัดพระที่นั่งศิวโมกขพิมานให้เป็นสถานที่จัดแสดงศิลาจารึก คัมภีร์ใบลาน สมุดไทย ตำราโบราณ เรียกว่าหอสมุดวชิรญาณ พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้เสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดเมื่อวันที่ 10 พฤศจิกายน 2469 เนื่องในวันเฉลิมพระชนมพรรษา
ต่อมาประเทศไทยได้เปลี่ยนแปลงการปกครองจากสมบูรณาญาสิทธิราช มาเป็นระบอบประชาธิปไตย รัฐบาลได้จัดตั้งกรมศิลปากรขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2476 พิพิธภัณฑสถานสำหรับพระนคร จึงได้เข้าสังกัดกับกรมศิลปากร และได้ประกาศตั้งเป็นพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระนคร เมื่อ พ.ศ. 2477