เมื่อวันพุธที่ 27 กรกฎาคม 2565 ที่ศาลปกครองอุบลราชธานี ศาลปกครองสูงสุด ได้นัดฟังคำพิพากษา กรณีสิทธิ์การทำทีมระหว่าง อีสาน ยูไนเต็ดกับ ศรีสะเกษ เอฟซี
กรณีดังกล่าวมีข้อพิพาทยาวนานกว่า 10 ปี ก่อนที่ล่าสุด ศาลปกครองสูงสุดมีคำพิพากษา ให้สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยในพระบรมราชูปถัมป์ คืนสิทธิ์ ทีมฟุตบอล ศรีสะเกษ เอฟซี ให้กับสโมสร อีสาน ยูไนเต็ด
พร้อมกันนี้ยังต้องมีการมอบเงินชดใช้ค่าเสียหายให้กับสโมสร อีสาน ยูไนเต็ด เป็นจำนวนเงิน 18.5 ล้านบาท
สำหรับกรณีดังกล่าวเกิดขึ้นเมื่อ 10 ปีก่อน จากการที่สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ประกาศว่า สโมสรศรีสะเกษ เอฟซี จะเปลี่ยนชื่อสโมสรเป็น อีสาน ยูไนเต็ด พร้อมย้ายสนามเหย้าไปอยู่ที่จังหวัดอุบลราชธานี
ทำให้เกิดความไม่พอใจต่อแฟนบอลของทีม ศรีสะเกษ เอฟซี และมีการประท้วงหน้าสนามกันต่อเนื่อง โดยผลงานในฤดูกาลดังกล่าว อีสาน ยูไนเต็ด จบอันดับ 6 ของศึก ไทยลีก (ฤดูกาล 2012)
ก่อนที่ในปีต่อมาจะมีการเรียกร้องสิทธิการทำทีมคืนจาก อีสาน ยูไนเต็ด โดยสมาคมกีฬาฟุตบอลฯ ได้คืนสิทธิ์ศรีสะเกษ เอฟซี ทว่าหลังแข่งขันไปเพียง 3 นัด ฝ่าย อีสาน ยูไนเต็ด ไปร้องศาลปกครองให้พิจารณาเรื่องนี้
ส่งผลให้ต้องมีการหยุดการแข่งขันของสโมสรในฤดูกาล 2013 และไทยลีก ฤดูกาลนั้นมีเพียงแค่ 17 ทีม ก่อนที่ ศรีสะเกษ เอฟซี จะได้กลับมาส่งทีมแข่งขันในฤดูกาล 2014 กระทั้งปัจจุบันตกไปแข่งขันอยู่ในไทยลีก 3 และกำลังจะแข่งขันในฤดูกาล 2022-23