คณะกรรมการพิจารณาวินัยมารยาท สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย จัดการลงโทษ สโมสร บีบีซียู เอฟซี ที่ถอนตัวจากไทยลีก 2 ระหว่างฤดูกาล ด้วยการปรับ 1 ล้านบาท และห้ามร่วมการแข่งขันทุกรายการ 2 ปี รวมถึงแม้จะยุบทีมไปแล้ว หากจะกลับมาแข่งขันใหม่ต้องไปเริ่มที่ไทยลีก 4
ภายหลังจาก สโมสรฟุตบอล บีบีซียู เอฟซี ทีมในไทยลีก 2 ได้ขอถอนทีมออกจากการแข่งขันในกำกับของสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ เริ่มจากการไม่เดินทางไปแข่งขันกับสโมสรสงขลา ยูไนเต็ด เมื่อวันที่ 29 เมษายน 2560 ที่ผ่านมา ก่อนจะส่งหนังสือของยกเลิกการดำเนินงานของสโมสรเป็นการถาวร โดยให้เหตุผลว่าไม่มีเงินทุนที่จะบริหารงานสโมสรต่อไปนั้น
อย่างไรก็ตามการขอระงับการดำเนินงานของสโมสร บีบีซียู เอฟซี ถือว่าเข้าข่ายผิดระเบียบข้อบังคับว่าด้วยการจัดการแข่งขัน “ไทยลีก 2” พ.ศ. 2560 บทที่ 3 : ข้อกำหนดในการเข้าร่วมการแข่งขัน, การถอน/พักทีม, โปรแกรมการแข่งขัน และรูปแบบของการแข่งขันกีฬาฟุตบอลลีกอาชีพรายการ “ไทยลีก 2” ข้อ 10 การถอนทีม/การพักทีม ข้อ 10.1 ทีมใดถอนทีมในระหว่างฤดูกาลแข่งขัน หรือ ถูก“สมาคม” ลงโทษถอนทีมออกจากรายการแข่งขัน หรือทีมใดล้มละลาย หรือถูกศาลตัดสินให้หมดสิทธิเข้าร่วมการแข่งขัน จะถูกปรับเงิน 1,000,000 บาท รวมถึงชดใช้ค่าเสียหายที่เกิดขึ้นจริงตามที่มีผู้ร้องขอ และห้ามไม่ให้เข้าร่วมการแข่งขันกีฬาฟุตบอลที่ “สมาคม” จัดขึ้นทุกประเภทเป็นเวลา 2 ปี และต้องส่งเงินสนับสนุนทีมที่ได้รับไปแล้วทั้งหมดคืน การเข้าร่วมการแข่งขันใหม่ จะต้องไปเริ่มแข่งขันในฟุตบอลรายการ “ไทยลีก 4” ตามข้อกำหนดของ “ฝ่ายจัดการแข่งขัน” ประกอบกับ ระเบียบว่าด้วยการลงโทษฯ บทที่ 3 หมวดที่ 2 ข้อ 3.13
ทั้งนี้คณะกรรมการพิจารณาวินัยมารยาทฯ พิจารณาลงโทษตามความผิดที่ระบุไว้ในระเบียบฯ ข้างต้น ลงโทษปรับเงิน 1,000,000 บาท รวมถึงให้ชดใช้ค่าเสียหายที่เกิดขึ้นจริงตามที่มีผู้ร้องขอ และห้ามไม่ให้เข้าร่วมการแข่งขันรายการที่สมาคมฟุตบอลฯ จัดขึ้นเป็นเวลา 2 ปี และต้องส่งเงินสนับสนุนทีมที่ได้รับไปแล้วทั้งหมดคืน โดยให้ “ฝ่ายจัดการแข่งขัน” ดำเนินการยกเลิกผลการแข่งขันของสโมสรบีบี-ซียู เอฟซี ทั้งหมด ยกเว้นโทษที่เกิดจากการตัดสิน หากสโมสรบีบี-ซียู เอฟซี จะเข้าร่วมการแข่งขันแข่งขันใหม่ จะต้องไปเริ่มแข่งขันในฟุตบอลรายการ “ไทยลีก 4” ตามข้อกำหนดของ “ฝ่ายจัดการแข่งขัน” คือในฤดูกาล 2020
ในส่วนของโควต้าการเลื่อนชั้นและตกชั้นของไทยลีก 2 จากเดิมที่ตกชั้นในฤดูกาลนี้ 3 ทีมให้เหลือ 2 ทีม คือ อันดับ 16 และ อันดับ 17 ส่วนทีมที่จะเลื่อนชั้นจากไทยลีก 3 นั้นยังคงไว้ที่ 3 ทีมเช่นเดิม