เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด จับสลากอยู่ในสาย อี ร่วมกับ คาชิมา อันท์เลอร์ส แชมป์เจลีก จากประเทศญี่ปุ่น และอีกสองทีมจากรอบเพลย์ออฟในศึกเอเอฟซี แชมเปียนส์ ลีก 2017 รอบแบ่งกลุ่ม
เมื่อวันที่ 13 ธันวาคม 2559 เวลา 15.00 น. ตามเวลาในประเทศไทย ได้มีการจับสลากแบ่งกลุ่ม ศึกฟุตบอลเอเอฟซี แชมเปียนส์ ลีก ฤดูกาล 2017 ณ กรุงกัวลาลัมเปอร์ ประเทศมาเลเซีย
โดยประเทศไทยได้สิทธิ์ในการเล่นรายนี้ด้วยโควตา 1+2 ได้แก่ เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด ได้สิทธิ์เข้าไปเล่นในรอบแบ่งกลุ่มในฐานะที่เป็นแชมป์ลีกสูงสุดในฤดูกาลที่ผ่านมา อีกสองทีม ได้แก่ แบงค็อก ยูไนเต็ด เข้ามาเล่นในรอบคัดเลือกในฐานะรองแชมป์โตโยต้า ไทยลีก และ สุโขทัย เอฟซี สิทธิ์การคว้าแชมป์รายการ ช้าง เอฟเอ คัพ
ผลปรากฏว่า เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด อยู่ในสาย E ร่วมกับ คาชิมา อันท์เลอร์ส แชมป์เจลีก จากประเทศญี่ปุ่น, ผู้ชนะรอบเพลย์ออฟสายที่ 1 และ 4 ของโซนตะวันออก
ทั้งนี้ ฟุตบอลเอเอฟซี แชมเปียนส์ ลีก จะมีการแข่งขันในรอบคัดเลือก วันที่ 24 มกราคม และ 31 มกราคม 2560 ส่วนในรอบแบ่งกลุ่ม นัดแรกจะทำการแข่งขันในระหว่าวันที่ 20 - 22 กุมภาพันธ์ 2560
