จากกรณีที่มีกลุ่มบุคคลที่อ้างตัวว่าเป็นพนักงานและลูกจ้างสวนสัตว์สงขลา ได้ส่งเรื่องร้องเรียน ปัญหาการทุจริตภายในสวนสัตว์สงขลา ไปยังสำนักงานป้องกันและปราบปรามการทุจริตในภาครัฐเขตพื้นที่ 9 เพื่อให้ดำเนินการกับการทุจริตที่เกิดขึ้น โดยได้ร้องเรียนให้ตรวจสอบการปฏิบัติงานของคณะผู้บริหารสวนสัตว์สงขลา และ ตรวจสอบโครงการก่อสร้าง ประจำปีงบประมาณต่างๆ ภายในสวนสัตว์สงขลา โดยทางสำนักงานป.ป.ท.เขตพื้นที่ 9 ได้ส่งเรื่องไปยัง สำนักงาน ป.ป.ช.ประจำจังหวัดสงขลา เพื่อพิจารณาดำเนินการต่อไป โดยเรื่องที่ร้องเรียนประกอบด้วย โครงการปรับปรุงแหล่งน้ำภายในสวนสัตว์สงขลา ปีงบประมาณ 2559 วงเงิน 48.9 ล้านบาท ,การทุจริตโดยการนำทรัพย์สินของสวนสัตว์ไปขายเอาเงินไปใช้ส่วนตัวและการแสวงหาผลประโยชน์ส่วนตัว เอื้อประโยชน์พวกพ้อง มีส่วนได้เสียกับบุคคลภายนอกเพื่อแสวงหาผลประโยชน์
จากกรณีเรื่องดังกล่าวสำนักงาน ป.ป.ช.ได้ชี้มูลความผิดไปแล้ว แต่คดียังไม่มีความคืบหน้า ยังไม่มีคนรับผิดชอบ กลุ่มบุคคลที่อ้างตัวว่าเป็นพนักงานและลูกจ้างสวนสัตว์สงขลา จึงเดินทางมาร้องสื่อ และวอนขอให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องลงมาตรวจสอบ
สำหรับโครงการปรังปรุงแหล่งน้ำภายในสวนสัตว์สงขลานั้น มีการตั้งข้อสังเกตว่าไม่ได้มีการดำเนินการตามงานที่กำหนดเอาไว้ อาทิ งานดินลูกรังถมปรับระดับบดอัดแน่น วงเงิน 5 ล้านบาทเศษ ไม่ได้มีการดำเนินการ ถือเป็นงานกินเปล่า, ไม่มีการบดอัดดินคันสระน้ำ ทำให้เกิดการทรุดตัวของดินถมหลังมีการปูผิวทั่วบริเวณ ,งานปูผ้ายาง มีการปูผ้ายางเพียงครึ่งเดียวของคันสระน้ำ คือ ครึ่งด้านบนเท่านั้น โดยที่ส่วนท้องสระ และคันสระครึ่งล่าง ไม่มีการปูผ้ายางทั้งที่ในแบบกำหนดให้ปูผ้ายางทั้งหมดร้อยเปอร์เซ็นต์เพื่อให้เก็บกักน้ำเอาไว้ได้ ทำให้ขณะนี้ สภาพอ่างเก็บน้ำดังกล่าวนั้นไม่สามารถเก็บกักน้ำได้ตามวัตถุประสงค์ ทำให้ครุภัณฑ์อื่นๆที่สั่งซื้อมาสำหรับใช้ในอ่างเก็บน้ำ ทั้ง เรือจักรยานน้ำ (ที่ตามแบบเป็นแบบแสตนเลส แต่ส่งมอบแบบไฟเบอร์) ไม่สามารถใช้งานได้ เพราะอ่างเก็บน้ำแห้งถึงท้องสระ ทำให้ชำรุดไปตามสภาพ จักรยานวงซ้อนท้าย ไม่สามารถใช้งานตั้งแต่วันส่งมอบ เนื่องจากถนนไม่ได้ระดับ ทรุดตัว เป็นต้น
นายศรชัย ชูวิเชียร ผู้อำนวยการสำนักงาน ป.ป.ช.ประจำจังหวัดสงขลา กล่าวว่า ข้อร้องเรียนเรื่องดังกล่าวนั้นก่อนหน้านี้มีผู้ร้องเรียนโครงการเดียวกันของสวนสัตว์ฯสงขลา แต่ร้องเรียนในประเด็นการตัดสิทธิ์ผู้ประกอบการบางรายไม่ให้เข้าร่วมเสนอราคาประมูลโครงการ ฯซึ่งมีการตรวจสอบข้อเท็จจริงเบื้องต้นพบว่ามีมูล ขณะนี้อยู่ระหว่างการตั้งคณะอนุกรรมการไต่สวนข้อเท็จจริงในกรณีดังกล่าว ส่วนในรายที่ร้องเรียนเข้ามาในกรณีเดียวกันนั้นได้รับเรื่องแล้ว อยู่ระหว่างการพิจารณาว่าจะนำเข้ามารวมเป็นคดีเดียวกันหรือแยกพิจารณา ซึ่งจะเร่งรัดดำเนินการภายในกรอบระยะเวลาที่กฎหมายกำหนด
ขณะที่นาย เฉลิม เกษตรสมบูรณ์ ผอ.สวนสัตว์สงขลาปฏิเสธที่จะพูดถึงเรื่องนี้ โดยอ้างว่ายังไม่มีหนังสือสั่งการใดๆ มาจากองค์การสวนสัตว์