พรรคไทยรักไทยถือกำเนิดมาจนถึงปัจจุบันวันนี้เกือบ 9 ปีเต็ม ภายใต้การนำของพ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตรและมีสมาชิกทั่วประเทศเฉียด 19 ล้านเสียง แต่สุดท้ายต้องมาตกม้าตาย ถูกส่งฟ้องศาลรัฐธรรมนูญ ฐานจ้างพรรคเล็ก ซึ่งหากมีความผิดจริง โทษถึงขั้นยุบพรรคเลยทีเดียว
พรรคไทยรักไทย จดทะเบียนจัดตั้งเป็นพรรคการเมืองลำดับที่หนึ่ง ตาม พ.ร.บ.ประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยพรรคการเมือง พ.ศ.2541 เมื่อวันที่ 14 กรกฎาคม 2541 โดยมี พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร เป็นหัวหน้าพรรค ร.ต.อ.ปุระชัย เปี่ยมสมบูรณ์ อดีตอธิการบดี สถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ (นิด้า) เป็นเลขาธิการพรรค
บุคลากรผู้ร่วมก่อตั้งพรรคเมื่อเริ่มแรกมีทั้งสิ้น 23 คน ประกอบไปด้วยบุคคลจากหลายวงการ อาทิเช่น พล.อ.ธรรมรักษ์ อิศรางกูร ณ อยุธยา อดีตที่ปรึกษาพิเศษกองบัญชาการทหารสูงสุด ธีรภัทร เสรีรังสรรค์ อธิการบดีมหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช คณิต ณ นคร อดีตอัยการสูงสุด สุวรรณ วลัยเสถียร อดีตที่ปรึกษากฎหมายธนาคารโลก สมคิด จาตุศรีพิทักษ์ อดีตที่ปรึกษาตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย พันธุ์ศักดิ์ วิญญรัตน์ อดีตประธานทีมที่ปรึกษาบ้านพิษณุโลก สมัยรัฐบาล พล.อ.ชาติชาย ชุนหะวัณ, พันธุ์เลิศ ใบหยก, กันตธีร์ ศุภมงคล, สารสิน วีระผล, สิริกร มณีรินทร์ และปภัสรา ตรังคิณีนาถ ซึ่งถือเป็นมิติใหม่ทางการเมืองไทย ที่พรรคการเมืองพรรคหนึ่งจะอุดมไปด้วยบุคคลที่เป็นที่ยอมรับจากหลายวงการมารวมตัวกัน
ปฏิบัติการรวบรวมกลุ่มการเมือง
ด้านกลยุทธ์การเมือง พรรคไทยรักไทยใช้วิธีดึงตัวนักการเมืองหน้าเก่าจากพรรคต่างๆ เข้าร่วม แม้จะมีเสียงวิพากษ์วิจารณ์จากนักการเมืองฝ่ายตรงข้าม สื่อมวลชน และนักวิชาการ ที่โจมตีว่าวิธีดังกล่าวเป็นการใช้เงินซื้อตัวนักการเมืองเหมือนการ "ตกเขียว" ซึ่งสวนทางกับจุดยืนที่พรรคได้เคยประกาศไว้ก็ตาม
หากไล่ตามเวลาในช่วงปี 2542 - 2543 จะพบว่ามีนักการเมือง/กลุ่มการเมือง ที่ย้ายเข้าสู่พรรคไทยรักไทยเป็นจำนวนมาก จนทำให้พรรคไทยรักไทยกลายสภาพเป็นพรรคการเมืองขนาดใหญ่ ในเวลาเพียงครึ่งปี พรรคไทยรักไทยมี ส.ส.แชมป์เก่าอยู่แล้วประมาณ 130 คน ซึ่งสามารถแบ่งเป็นกลุ่มการเมืองได้ ดังนี้คือ กลุ่มพลังธรรม – พลังไทย /กลุ่มวังน้ำเย็น /กลุ่มพรรคความหวังใหม่ /กลุ่มพรรคชาติพัฒนา /กลุ่มพรรคชาติไทย /กลุ่มพรรคกิจสังคม /กลุ่มพรรคประชาธิปัตย์
ภายหลังรวบรวมนักการเมืองจากกลุ่มต่างๆ ได้แล้ว พรรคไทยรักไทยเริ่มประกาศนโยบายออกมา เช่น โครงการ 30 บาท รักษาทุกโรค, โครงการพักชำระหนี้เกษตร 3 ปี, โครงการกองทุนหมู่บ้าน รวมไปถึงการประกาศสงครามกับสิ่งชั่วร้าย 3 ประการ ได้แก่ สงครามความยากจน สงครามยาเสพติดและสงครามคอร์รัปชั่น
อย่างไรก็ตาม ต้นปี 2544 พ.ต.ท.ทักษิณ โดน "คดีซุกหุ้น" และถูกป.ป.ช.ชี้ว่าคดีดังกล่าว "มีมูล" เมื่อวันที่ 26 ธันวาคม 2543 ด้วยมติ 8 ต่อ 1 เสียง ทว่าในวันที่ 3 สิงหาคม 2544 ศาลรัฐธรรมนูญได้ตัดสินชี้ขาดว่า พ.ต.ท.ทักษิณไม่มีความผิด ด้วยมติ 8 ต่อ 7 เสียง ส่งผลให้ พ.ต.ท.ทักษิณรอดพ้นจากการถูกเว้นวรรคทางการเมือง ซึ่งในขณะนั้น พ.ต.ท.ทักษิณดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีแล้ว
รวมอำนาจบริหารเบ็ดเสร็จ
การเลือกตั้งเมื่อวันที่ 6 มกราคม 2544 พรรคไทยรักไทย คว้าชัยชนะแบบถล่มทลาย ด้วยจำนวน ส.ส.ระบบเขต 208 คน ระบบบัญชีรายชื่อ 48 คน รวมทั้งสิ้น 256 คน ส่งผลให้พรรคไทยรักไทยได้เป็นแกนนำในการจัดตั้งรัฐบาลทั้งที่ลงเลือกตั้งครั้งแรก
พ.ต.ท.ทักษิณ ประกาศจัดตั้งรัฐบาล โดยดึง พรรคความหวังใหม่เข้ามาร่วมรัฐบาลเนื่องจาก พ.ต.ท.ทักษิณ ได้ให้ความช่วยเหลือทางการเงินในการหาเสียงแก่พรรคความหวังใหม่เป็นจำนวนมาก ดังนั้นในวันที่ 24 มกราคม ที่อาคารชินวัตร 3 หัวหน้าพรรคทั้งสองจึงมีแถลงการณ์จัดตั้งรัฐบาลร่วมกันอย่างเป็นทางการ หลังจากนั้น พ.ต.ท.ทักษิณ ตัดสินใจดึงพรรคชาติไทยเข้าร่วมรัฐบาลเป็นพรรคที่ 3 เพื่อให้พรรคร่วมรัฐบาลมีส.ส.มากว่า 300 เสียง (3 ใน 5) ซึ่งจะทำให้ฝ่ายค้านไม่สามารถเปิดอภิปรายไม่ไว้วางใจนายกรัฐมนตรีได้ ส่งผลให้รัฐบาลมีส.ส. รวมกัน 324 คน
คณะรัฐมนตรีชุดที่ 1 ของรัฐบาล พ.ต.ท.ทักษิณ ได้รับโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเมื่อวันที่ 17 กุมภาพันธ์ 2544 ซึ่งการที่พรรคร่วมรัฐบาลมีเสียงรวมกันมากถึง 324 กว่าเสียง ย่อมทำให้การบริหารก็เป็นไปอย่างค่อนข้างเบ็ดเสร็จ หลังจากนั้นพ.ต.ท.ทักษิณ ได้ผนวก "พรรคเสรีธรรม" นำโดยประจวบ ไชยสาส์น เข้าเป็นส่วนหนึ่งของพรรคไทยรักไทย อย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 6 กันยายน 2544 จนกลายมาเป็นกลุ่มการเมืองหนึ่งในพรรคไทยรักไทยที่ชื่อกลุ่ม "วังพญานาค" ส่งผลให้พรรคไทยรักไทยมี ส.ส.เพิ่มเป็น 262 คน ส่วนพรรคร่วมรัฐบาลมีเสียงสนับสนุนเพิ่มเป็น 338 เสียง
อย่างไรก็ตาม พ.ต.ท.ทักษิณ ยังต้องการดึงพรรคความหวังใหม่เข้ามาอีก เพื่อให้พรรคไทยรักไทยพรรคเดียวมีเสียงเกิน 300 เสียง นอกจากนั้นยังต้องการลดบทบาทของกลุ่มวังน้ำเย็น ของเสนาะ เทียนทอง ลง ดังนั้นในวันที่ 28 มีนาคม 2545 ศาลรัฐธรรมนูญได้มีคำสั่งที่ 7/2545 ให้ยุบพรรคความหวังใหม่เข้ารวมกับพรรคไทยรักไทย โดยมี ส.ส.ย้ายเข้าพรรคไทยรักไทย 32 คน ส่วนอีก 3 คน คือ ร.ต.อ.เฉลิม อยู่บำรุง ชิงชัย มงคลธรรม และพ.ท.หญิงฐิติยา รังสิตพล ไม่ได้ย้ายเข้าตาม ส่งผลให้พรรคไทยรักไทยมี ส.ส.เพิ่มเป็น 295 คน
2547 ปีแห่งวิกฤตศรัทธา
แม้ว่าในปี 2546 คะแนนนิยมในตัว พ.ต.ท.ทักษิณ และรัฐบาล จะค่อนข้างสูง แต่ทว่าภายในพรรคเองกลับมีปัญหาความขัดแย้งระหว่างกลุ่มต่างๆ เช่น นายเสนาะ เทียนทอง แกนนำกลุ่มวังน้ำเย็นไม่เห็นด้วยกับการดึงพรรคการเมืองอื่นเข้าร่วมกับพรรคไทยรักไทย และการปรับครม.ที่ พ.ต.ท.ทักษิณไม่เคยปรึกษา รวมไปถึงความขัดแย้งที่ทำให้กลุ่ม “วังน้ำยม”(นำโดยนายสมศักดิ์ เทพสุทิน และนายสุริยะ จึงรุ่งเรืองกิจ )แยกตัวจากกลุ่ม “วังบัวบาน” รวมถึงความขัดแย้งระหว่าง พ.ต.ท.ทักษิณ กับ ร.ต.อ.ปุระชัย เปี่ยมสมบูรณ์ เลขาธิการพรรค ส่งผลให้ ร.ต.อ.ปุระชัยประกาศเตรียมวางมือทางการเมืองหลังรัฐบาลชุดนี้สิ้นสุดวาระลง
ปี 2547 คะแนนนิยมในตัว พ.ต.ท.ทักษิณ และรัฐบาล ตกต่ำจากปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้, ปัญหาการหายตัวของสมชาย นีละไพจิตร ประธานชมรมนักกฎหมายมุสลิม, ปัญหาไข้หวัดนก, ปัญหาการแปรรูปรัฐวิสาหกิจ, กรณีข้อสอบเอนทรานซ์รั่ว, วิกฤตการณ์ราคาน้ำมัน, ปัญหาการแต่งตั้งผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราช , การทุจริตคอร์รัปชันและผลประโยชน์ทับซ้อนฯลฯ
จากนั้น ไทยรักไทยได้พบกับความพ่ายแพ้ในการเลือกตั้งผู้ว่าฯ กทม. ซึ่งนางปวีณา หงสกุลที่พรรคไทยรักไทยให้การสนับสนุนอย่างลับๆ พ่ายแพ้ให้กับนายอภิรักษ์ โกษะโยธิน ผู้สมัครจากพรรคประชาธิปัตย์ ไปอย่างขาดลอย กระนั้นรัฐบาลพรรคไทยรักไทยก็อยู่ครบวาระในปลายปี 2547 และถือเป็นรัฐบาลแรกที่มาจากการเลือกตั้งและสามารถบริหารประเทศจนครบวาระ 4 ปี
เลือกตั้ง 2548
เพื่อเตรียมความพร้อมในการเลือกตั้งที่คาดว่าจะมีขึ้นในต้นปี 2548 ไทยรักไทยเริ่มดูด ส.ส.แชมป์เก่าจากพรรคการเมืองอื่นอีกครั้ง โดย 2 ในหลายกลุ่มการเมืองที่ย้ายเข้ามาคือ กลุ่มชลบุรี ของนายสนธยา คุณปลื้ม และกลุ่มบุรีรัมย์ของนายเนวิน ชิดชอบ
ในขณะนั้นมีพรรคร่วมรัฐบาลเหลืออยู่ 2 พรรค คือ พรรคชาติไทย และพรรคชาติพัฒนา ซึ่งในการปรับคณะรัฐมนตรีครั้งที่ 8 เมื่อวันที่ 30 มิถุนายน 2547 พรรคชาติพัฒนาได้รับเชิญให้เข้าร่วมรัฐบาล โดยนายสุวัจน์ได้รับตำแหน่งรองนายกรัฐมนตรี นายอนุทิน ชาญวีรกูล ได้รับตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการสาธารณสุข จนกระทั่งวันที่ 21 กันยายน 2547 คณะตุลาการรัฐธรรมนูญได้มีมติเป็นเอกฉันท์ สั่งยุบรวมพรรคชาติพัฒนาเข้ากับพรรคไทยรักไทยอย่างเป็นทางการ ซึ่งต่อมาได้กลายเป็นกลุ่มการเมืองหนึ่งในพรรคไทยรักไทย และถูกตั้งฉายาว่า "กลุ่มลำตะคอง"
วันที่ 6 กุมภาพันธ์ 2548 มีการเลือกตั้งทั่วไป ซึ่งพ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร ประธานคณะกรรมการอำนวยการเลือกตั้งพรรคไทยรักไทย ได้มอบหมายให้ นายปองพล อดิเรกสาร รองหัวหน้าพรรค รับตำแหน่งผู้อำนวยการเลือกตั้ง มีหน้าที่คุมการเลือกตั้งทั่วประเทศ โดยทำการส่งผู้สมัครระบบบัญชีรายชื่อ 100 คน ระบบเขต 400 คน
พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร ใช้กลยุทธ์ในการหาเสียงโดยเดินทางไปปราศรัยหาเสียงช่วยผู้สมัครในเขตที่มีคะแนนเบียดกับคู่แข่ง และได้ชูสโลแกนมากมาย เช่น "กลยุทธ์ป่าล้อมเมือง" ,"โอกาสคืออนาคต" ฯลฯ นอกจากนั้นยังเช่าเหมาขบวนรถไฟ 9 โบกี้ เพื่อหาเสียงกับพี่น้องในภาคอีสานด้วย
ผลการเลือกตั้งครั้งเมื่อวันที่ 6 กุมภาพันธ์ 2548 ไทยรักไทยได้รับการเลือกตั้งถึง 376 ที่นั่ง จากจำนวนที่นั่งในสภาผู้แทนราษฎร 500 ที่นั่ง เอาชนะพรรคคู่แข่งคือ พรรคประชาธิปัตย์ที่ได้เพียง 96 ที่นั่ง เป็นพรรคการเมืองแรกที่ได้รับการเลือกตั้งเป็นรัฐบาลพรรคเดียว ส่วนพ.ต.ท.ทักษิณ เป็นนายกรัฐมนตรีคนแรกที่สามารถบริหารประเทศจนครบวาระ 4 ปี และชนะการเลือกตั้งติดต่อกัน 2 ครั้ง
ทักษิณ-เสนาะ ความขัดแย้งที่ยากเยียวยา
อย่างไรก็ตาม หลังจากชัยชนะครั้งใหญ่ไม่นาน ภายในพรรคได้เกิดความขัดแย้งระหว่างลูกพรรคกับหัวหน้าพรรค ระหว่างกลุ่มการเมืองต่างๆ ภายในพรรคที่บรรดา ส.ส.แต่ละกลุ่มต้องการเห็นแกนนำกลุ่มของตนได้ขึ้นเป็นรัฐมนตรีตำแหน่งใหญ่ๆ บวกกับกระแสการทุจริตคอร์รัปชั่น จนส่งผลให้คะแนนนิยมของพรรคตกลงอย่างมาก
ซึ่งในความขัดแย้งดังกล่าวได้รวมถึงความขัดแย้งระหว่างพ.ต.ท.ทักษิณและนายเสนาะ เทียนทอง แกนนำกลุ่มวังน้ำเย็นด้วย โดย นายเสนาะไม่พอใจ พ.ต.ท.ทักษิณ ในเรื่องการจัดลำดับผู้สมัคร ส.ส.ระบบบัญชีรายชื่อ รวมถึงการที่ พ.ต.ท.ทักษิณ ยังให้สัมภาษณ์ว่าจะแต่งตั้ง นายพงศ์เทพ เทพกาญจนา เป็นประธานวิปรัฐบาล แทนนายเสนาะ ซึ่งจะแต่งตั้งให้เป็นประธานวิปรัฐบาลกิตติมศักดิ์ ซึ่งตำแหน่งดังกล่าวไม่มีมาก่อน แต่สุดท้ายก็สามารถไกล่เกลี่ยกันได้
พ.ต.ท.ทักษิณเองก็ได้แสดงความไม่พอใจ นายประมวล รุจนเสรี แกนนำกลุ่มวังน้ำเย็นที่ออกหนังสือ “การใช้อำนาจเป็นธรรมชาติของมนุษย์” ซึ่งมีรายละเอียดกระทบกระเทียบการบริหารพรรคและประเทศของ พ.ต.ท.ทักษิณ จนเมื่อวันที่ 24 เมษายน พ.ต.ท.ทักษิณได้ลาออกจากตำแหน่งหัวหน้าพรรค และนายประมวลหลุดจากตำแหน่งกรรมการบริหารพรรค
หลังจากนั้น เมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม 2548 จากการที่ ส.ส.พรรคไทยรักไทยจำนวน 60 คน ซึ่งส่วนใหญ่เป็น ส.ส.กลุ่มวังน้ำเย็น ร่วมกันลงชื่อคัดค้านการทูลเกล้าฯ รายชื่อนายวิสุทธิ์ มนตรีวัติ เพื่อดำรงตำแหน่งผู้ว่าการ สตง. แทนคุณหญิงจารุวรรณ เมณฑกา จนสร้างความไม่พอใจให้กับ พ.ต.ท.ทักษิณเป็นอันมาก
วันที่ 8 มิถุนายน ในการประชุมร่วม 2 สภา นายเสนาะได้ขอสิทธิ์ลุกขึ้นอภิปราย โดยมีเนื้อหาโจมตีหัวหน้าพรรคไทยรักไทย ส่งผลให้ในการประชุมตั้งคณะผู้บริหารชุดใหม่หลังจากนั้นนายเสนาะ และนายประมวล ไม่ได้รับเลือกกลับเข้ามา โดยทางนายประมวลเองก็ได้ออกหนังสือ “พระราชอำนาจ” ที่มีเนื้อหากระทบกระเทียบถึง พ.ต.ท.ทักษิณ โดยเฉพาะการแต่งตั้งผู้ว่าการ สตง.
นอกจากความขัดแย้งภายในพรรคไทยรักไทยแล้ว ยังเกิดปัญหาการทุจริตคอร์รัปชั่นโดยเฉพาะความไม่ชอบมาพากลในการจัดซื้อเครื่องตรวจจับวัตถุระเบิดซีทีเอ็กซ์ 9000 (CTX 9000) ในโครงการก่อสร้างสนามบินสุวรรณภูมิ ที่ถูกตีแผ่ออกมาจนเกิดกระแสต่อต้านการคอร์รัปชั่นในวงกว้าง
ส่งผลให้ นายสุริยะ จึงรุ่งเรืองกิจ รมว.คมนาคม ต้องหลุดจากตำแหน่งเจ้ากระทรวง หลังการอภิปรายไม่ไว้วางใจผ่านพ้นไป โดยมี นายพงษ์ศักดิ์ รักตพงศ์ไพศาล เข้ารับตำแหน่งแทน ในการปรับ ครม.ทักษิณ 2/2 เมื่อวันที่ 3 สิงหาคม 2548
ปรากฏการณ์เมืองไทยรายสัปดาห์สัญจร
ปลายปี 2547 เป็นต้นมา นายสนธิ ลิ้มทองกุล ผู้ก่อตั้งหนังสือพิมพ์ผู้จัดการ ในฐานะพิธีกรรายการเมืองไทยรายสัปดาห์สัปดาห์ และเมืองไทยรายสัปดาห์สัญจร ได้เริ่มเปิดประเด็นการทุจริตคอร์รัปชั่นของรัฐบาล ทั้งกรณีทุจริตเครื่องตรวจจับวัตถุระเบิด CTX 9000, การทุจริตโครงการกล้ายางพารา, การทุจริตที่จอดรถสนามบินสุวรรณภูมิ, การประกาศใช้ พ.ร.ก.การบริหารราชการแผ่นดินในสถานการณ์ฉุกเฉิน, นโยบายกระตุ้นเศรษฐกิจของรัฐบาล, การเปิดสายการบินแอร์เอชีย, นโยบายแปรรูปรัฐวิสาหกิจ โดยเฉพาะ ปตท.และ กฟผ., ประเด็นผู้ว่าการ สตง. และ กรณีการแต่งตั้งคณะผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราช , “พิธีทำบุญประเทศ” ที่วัดพระศรีรัตนศาสดาราม, การจัดซื้อเครื่องบินซี 130, การทุจริตจัดซื้อเครื่องตรวจจับคลื่นสึนามิ, การทุจริตโครงการก่อสร้างที่ จ.เชียงใหม่ ฯลฯ ซึ่งการเปิดประเด็นในเรื่องดังกล่าวส่งผลกระทบอย่างสูงในสังคมไทยให้หันมาสนใจการเมืองและจับตาดูการบริหารของรัฐบาลภายใต้การนำของนายกทักษิณอย่างใกล้ชิด ทั้งยังเป็นจุดเริ่มต้นของการแตกสลายของรัฐบาลทักษิณ
วิบากกรรมหุ้น 7 หมื่นล้าน เบี้ยวภาษี
ปลายเดือนมกราคม 2549 พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร นายกรัฐมนตรี และหัวหน้าพรรคไทยรักไทย ประกาศว่าตระกูลชินวัตรจะขายหุ้น ทั้งหมดที่ถืออยู่ในเครือชินคอร์ปอเรชั่น ให้กับบริษัท เทมาเส็ก โฮลดิ้งส์ จากประเทศสิงคโปร์ ธนาคารไทยพาณิชย์ และกลุ่มนักลงทุนไทยในนามบริษัทกุหลาบแก้วรวมจำนวนหุ้นทั้งสิ้น 1,487.7 ล้านหุ้น หรือ 49.6% รวมเป็นเงินทั้งสิ้น 7.33 หมื่นล้านบาท โดยประเด็นสำคัญอยู่ที่ การขายหุ้นในครั้งนี้ไม่เสียภาษีแม้แต่บาทเดียว ส่งผลให้สังคมเกิดความไม่ไว้วางใจในตัวผู้นำประเทศเกิดกลุ่มผู้ต่อต้านซึ่งขยายวงกว้างไปทั่วประเทศ ซึ่งรวมถึงการกำเนิดของ “องค์กรพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย” มีแกนนำ 5 คน ได้แก่ นายสนธิ นายพิภพ ธงไชย นายสมศักดิ์ โกศัยสุข นายสุริยะใส กตะศิลา และพล.ต.จำลอง ศรีเมืองโดยมีการชุมนุมมวลชนเพื่อต่อต้านรัฐบาลและนายกหลายต่อหลายครั้ง และมีประชาชนร่วมชุมนุมหลายหมื่นคน
ภายหลังการต่อสู้อันยาวนานของภาคประชาชน ในที่สุด พ.ต.ท.ทักษิณ ต้องตัดสินใจ “ยุบสภาฯ” เมื่อวันที่ 24 กุมภาพันธ์ 2549 นับเป็นการสิ้นสุดวาระของรัฐบาลชุดที่ว่ากันว่ามีเสถียรภาพมากที่สุดในประวัติศาสตร์การเมืองไทย ด้วย ส.ส.พรรคเดียวมากถึง 399 เสียง โดยกำหนดให้มีการเลือกตั้งในวันที่ 2 เมษายน 2549 ซึ่งการเลือกตั้งในครั้งนั้น พรรคประชาธิปัตย์ พรรคชาติไทย และพรรคมหาชนตัดสินใจคว่ำบาตรไม่ส่งผู้สมัครลงเลือกตั้ง เนื่องจากเกรงว่าการเลือกตั้งจะไม่โปร่งใส ส่งผลให้พ.ต.ท.ทักษิณ กลับมาอีกครั้ง
ต่อมานายสุเทพ เทือกสุบรรณ เลขาธิการพรรคประชาธิปัตย์ ได้ร้องเรียนคณะกรรมการการเลือกตั้ง (กกต.) ว่า พรรคไทยรักไทยจ้างพรรคการเมืองขนาดเล็กลงสมัครเพื่อหนีเกณฑ์ 20 %และปลอมแปลงเอกสารฐานข้อมูล ส่วนสมาชิกพรรค พรรคไทยรักไทยก็ร้องเรียนว่าพรรคประชาธิปัตย์จ้างพรรคเล็กใส่ร้าย กกต.ลงความเห็นว่า พรรคไทยรักไทย พรรคประชาธิปัตย์ พรรคพัฒนาชาติไทย พรรคแผ่นดินไทย และพรรคประชาธิปไตยก้าวหน้า กระทำความผิดตามมาตรา 66 ของ พระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยพรรคการเมือง พ.ศ. 2541 และได้ส่งสำนวนต่ออัยการสูงสุดเพื่อให้ศาลรัฐธรรมนูญมีคำสั่งยุบพรรคการเมืองทั้ง 5 พรรค
เมื่อ “คณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข หรือ คปค.” ภายใต้การนำของ พล.อ.สนธิ บุญยรัตนกลิน ผู้บัญชาการทหารบก (ผบ.ทบ.) ได้ก่อการรัฐประหารเมื่อวันที่ 19 กันยายน 2549 และประกาศยกเลิกรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2540 ส่งผลให้คณะตุลาการศาลรัฐธรรมนูญชุดเก่าถูกยกเลิกและได้ตั้งคณะตุลาการรัฐธรรมนูญขึ้นมาใหม่จำนวน 9 คน โดยตุลาการรัฐธรรมนูญจะลงมติคดียุบพรรคดังกล่าวในวันที่ 30 พฤษภาคม 2550