ถ้าอ่านพงศาวดารไทยเกี่ยวกับสมเด็จพระนเรศวรมหาราช จะพบเรื่องที่น่าสนใจของพระองค์มากมาย ตั้งแต่ทรงตกเป็นตัวประกันอยู่ในราชสำนักพม่า การตีเมืองคัง การประกาศอิสรภาพ พระแสงปืนต้นข้ามแม่น้ำสะโตง พระแสงดาบคาบค่าย เมื่อขึ้นครองราชย์แล้ว ตลอดระยะเวลา ๑๕ ปีก่อนจะสวรรคตที่เมืองหาง พระองค์ก็ต้องทรงทำยุทธหัตถีและสงครามรอบด้าน แผ่พระราชอาณาเขตออกไปกว้างใหญ่ไพศาล พระราชกรณียกิจชองพระองค์ล้วนแต่เป็นเรื่องน่าตื่นเต้นที่เป็นผลต่อความมั่นคงของประเทศชาติ พงศาวดารจึงไม่ใคร่สนใจที่จะบันทึกชีวิตส่วนพระองค์ในเรื่องเกี่ยวกับพระมเหสี และพระราชโอรสพระราชธิดา
แต่ก็มีพงศาวดารฉบับหนึ่ง คือ พระราชพงศาวดารกรุงเก่า ฉบับพระจักรพรรดิพงษ์ (จาด) กล่าวถึงตอนที่สมเด็จพระนเรศวรและสมเด็จพระเอกาทศรถทรงนำทัพไปช่วยพญาละแวกปราบกบฏไว้ว่า
“...พระบาทสมเด็จบรมบพิตรพระพุทธิเจ้าอยู่หัวทั้งสองพระองค์ก็มีพระราชโองการตรัสให้แต่งทัพสมเด็จพระเจ้าลูกเธอ พระมหาธรรมราชา แลช้างเครื่องห้าสิบ ม้าร้อยหนึ่ง พลทหารหมื่นหนึ่ง แลทัพพญาธรรมาธิบดี พญาสวรรคโลก พญากำแพงเพชร พญาสุโขทัย พญาพันธารา ยกไปโดยทางโพธิสัตว์ แลมีพระราชกำหนดไปให้พญาละแวกยกทัพออกมาบรรจบด้วยกับสมเด็จพระเจ้าลูกเธอ แลยกไปตีทัพพญาออนในตำบลเสนสโทง ครั้นตีทัพพญาออนแตกฉานแล้ว สมเด็จพระเจ้าลูกเธอก็ยกทัพคืนมาโดยทางพระนครหลวง มาถวายบังคมพระบาทสมเด็จบรมบพิตรพระพุทธิเจ้าอยู่หัวทั้งสองพระองค์...”
แต่กรมพระยาดำรงราชานุภาพทรงวินิจฉัยว่า เรื่องนี้คลาดเคลื่อน พงศาวดารฉบับนี้กล่าวถึงโอรสสมเด็จพระนเรศวรในที่นี้เพียงครั้งเดียว จากนั้นก็ไม่ปรากฏอีกเลย แต่พระราชพงศาวดารฉบับหลวงประเสริฐกล่าวถึงการจัดทัพไปปราบกบฏครั้งนี้ว่า “ให้พระเจ้าฝ่ายหน้าเสด็จ” ซึ่งน่าจะหมายถึงสมเด็จพระเอกาทศรถ ความจริงสมเด็จพระนเรศวรหาได้มีโอรสธิดาไม่ นักประวัติศาสตร์ส่วนใหญ่จึงเชื่อตามพระวินิจฉัยของสมเด็จกรมพระยาดำรงฯ
จดหมายเหตุของชาวต่างประเทศคนหนึ่ง คือ ปีเตอร์ วิลเลียมสัน ฟลอริส ชาวดัชท์ที่ทำงานให้บริษัทอังกฤษ และนำเรือเข้ามาแค่เปัตตานีในสมัยสมเด็จพระเอกาทศรถ หลังจากสมเด็จพระนเรศวรสวรรคตไม่นาน แต่เขียนจดหมายติดต่อกับเจ้าหน้าที่ของบริษัทที่อยู่ในกรุงศรียุธยา ได้บันทึกถึงสมเด็จพระนเรศวรตอนหนึ่งไว้ว่า
“...พระองค์ปราบปรามกัมพูชา ล้านช้าง เชียงใหม่ นครศรีธรรมราช ปัตตานี ตะนาวศรี และแคว้นกับอาณาจักรต่างๆเข้าไว้ในอำนาจ จนปี ๑๖๐๕ พระองค์ก็สิ้นพระชนม์โดยมิได้มีพระราชโอรส พระองค์ทรงเป็นบุคคลที่มีพระปัญญาล้ำเลิศ และได้ทิ้งราชอาณาจักรแก่สมเด็จพระอนุชาธิราช ผู้ทรงได้รับสมญานามว่า “พระองค์ขาว”...”
แต่ก็มีจดหมายเหตุของชาวต่างประเทศบางฉบับระบุว่า สมเด็จพระนเรศวรมีทั้งพระราชโอรสและพระราชธิดา อย่างในบันทึกของบาทหลวงมาร์เชโล เด ริบาเดเนย์รา ชาวสเปนที่อยู่ฟิลิปปินส์ ได้เขียน “History of the Philippines and Other Kingdom” และกล่าวถึงกรุงศรีอยุธยาจากคำบอกเล่าของคณะบาทหลวงที่เคยอยู่กรุงศรีอยุธยาในสมัยสมเด็จพระมหาธรรมราชาจนถึงสมัยสมเด็จพระนเรศวร ได้กล่าวถึงขบวนพยุหยาตราของกษัตริย์สยามไว้ว่า
“...เรือแต่ละลำมีข้าราชการชั้นผู้ใหญ่แห่งพระราชสำนัก ๑ คน แล้วจากนั้นเป็นพระราชกุมารพระองค์เยาว์ที่สุด พระเจ้าแผ่นดินเสด็จปรากฏพระองค์ในเรือพระที่นั่งที่ตกแต่งอย่างหรูหรามาก ตามติดมาเป็นสมเด็จพระอัครมเหสีและสาวสรรกำนัลใน สมเด็จพระอัครมเหสีประทับแต่เพียงลำพังพระองค์ และบรรดานางกำนัลนั่งในเรือลำอื่นตกแต่งอย่างน่าอัศจรรย์ และกั้นด้วยม่านอย่างรอบคอบจนเป็นไปได้ที่จะสามารถมองผ่านม่านจากภายในสู่โลกภายนอกได้ โดยที่คนภายนอกไม่เห็นคนภายใน...”
ในฉบับนี้นอกจะกล่าวถึงพระมเหสีแล้วยังกล่าวถึงพระราชกุมารด้วยว่าเป็น “พระราชกุมารพระองค์เยาว์ที่สุด” แสดงว่ามีพระราชกุมารหลายองค์ และที่พระราชกุมารไม่ได้ประทับมากับพระอัครมเหสี ก็อาจจะเป็นพระราชกุมารที่ประสูติจากพระชายาองค์อื่นก็เป็นได้
อย่างไรก็ตามปรากฏพระนามมเหสีในเอกสารของต่างชาติ ๓ ฉบับ คือ จดหมายเหตุวันวลิต พงศาวดารละแวก ของเขมร มหาราชวงศ์ ฉบับหอแก้ว ของพม่า และยังมีของไทยในฉบับคำให้การของของขุนหลวงหาวัดอีก ๑ พระองค์ เป็น ๔พระองค์ คือ
๑.เจ้าขรัวมณีจันทร์ ในจดหมายเหตุวันวลิต
๒. พระมณีรัตนา ในคำให้การของขุนหลวงหาวัด
๒.โยเดียมี้พระยา พระราชธิดาในพระเจ้านรธาเมงสอ ราชวงศ์พม่าผู้ปกครองล้านนา ในพงศาวดารพม่า
๓. พระเอกกษัตริย์ตรี พระราชธิดาในพระเจ้าศรีสุพรรณมาธิราช เจ้าแผ่นดินเขมร ในพงศาวดารเขมร
พระมณีรัตนานั้นกล่าวกันว่า เป็นราชธิดาสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ มีพระนามว่า พระรัตนมณีเนตร หรือ พระแก้วฟ้า เป็นขนิษฐาต่างชนนีกับพระวิสุทธิกษัตรีย์ คำให้การของขุนหลวงหาวัด กล่าวถึงพิธีปราบดาภิเษกสมเด็จพระนเรศวรไว้ตอนหนึ่งว่า
“...จึงปราบดาภิเษกแล้วเชื้อเชิญให้เสวยราชสมบัติ จึงถวายอาณาจักรเวนพิภพแล้วจึงถวายเครื่องเบญจราชกกุธภัณฑ์ทั้ง ๕ และเครื่องมหาพิไชยสงครามทั้ง ๕ ทั้งเครื่องราชูปโภคทั้งปวงอันครบครัน แล้วจึงถวายพระนามใส่ในพระสุพรรณบัตรสมญา แล้วฝ่ายในกรมจึงถวายพระมเหษีพระนามชื่อพระมณีรัตนา และถวายพระสนมกำนัลทั้งสิ้น แล้วครอบครองราชสมบัติเมื่อจุลศักราช ๙๕๒ ปีขาลศก อันพระเอกาทศรถนั้นก็เปนที่มหาอุปราช...”
ส่วนพระนางมณีจันทร์ เมื่อสมเด็จพระนเรศวรสวรรคต ได้เสด็จออกบวชชี จึงเรียกกันทั่วไปว่า เจ้าขรัว และปรากฏพระนามในจดหมายเหตุวันวลิตว่าได้เข้าเฝ้าสมเด็จพระเอกาทศรถ ขอพระราชทานอภัยโทษให้แก่พระองค์ไล ซึ่งกล่าวกันว่าเป็นโอรสลับของสมเด็จพระเอกาทศรถ ซึ่งต่อมาก็คือพระเจ้าปราสาททอง วันวลิตบันทึกไว้ว่า
“...เจ้าขรัวมณีจันทร์ ชายาม่ายของพระเจ้าอยู่หัวในพระโกศ คือ พระ Marit หรือพระองค์ดำได้ทูลขอ...”
นอกจากนี้ในการบันทึกความสัมพันธ์ระหว่างสมเด็จพระนเรศวรกับนรธาเมงสอ พระเจ้าเชียงใหม่ของพม่านั้น พรเจ้านรธาเมงสอได้ขอความช่วยเหลือจากกรุงศรีอยุธยาขจัดปัญหาการแข็งเมืองและการรุกรานจากข้าศึก พระเจ้านรธามังสอได้ถวายพระราชธิดาให้เป็นพระมเหสีของสมเด็จพระนเรศวร และสมเด็จพระนเรศวรได้ทรงยกพระราชธิดาให้แก่เมงสาตุลอง ราชโอรสของพระเจ้านรธาเมงสอด้วย
ส่วนพระเอกกษัตรี เป็นพระราชธิดาของพระศรีสุพรรณมาธิราช หรือ พระบรมราชาธิราชที่ ๗ ซึ่งได้ยอมสวามิภักดิ์ต่อสมเด็จพระนเรศวรที่ยกทัพไปตีเมืองละแวก แล้วพาครอบครัวมาอยู่กรุงศรีอยุธยา พงศาวดารละแวกบันทึกว่า ในปีต่อมาสมเด็จพระนเรศวรได้ทรงแต่งตั้งพระเอกกษัตรีเป็นพระมเหสี ปัจจุบันสระน้ำแห่งหนึ่งในมหาวิทยาลัยนเรศวรที่พิษณุโลก ก็มีชื่อว่า เอกกษัตรี ด้วย
อย่างไรก็ตาม แม้ผู้บันทึกประวัติศาสตร์แต่ละรายจะกล่าวถึงมเหสีและโอรสธิดาของสมเด็จพระนเรศวรมหาราช แต่ก็กล่าวอย่างผ่านๆ ไม่ปรากฏบทบาทในประวัติศาสตร์แต่อย่างใด เป็นเรื่องส่วนระองค์โดยเฉพาะ นักประวัติศาสตร์จึงเชื่อตามพระวินิจฉัยของสมเด็จฯกรมพระยาดำรงราชานุภาพว่า สมเด็จพระนเรศวรมหาราชไม่มีพระราชโอรสและพระราชธิดา