เป็นที่รู้กันว่า จังหวัดปัตตานีเป็นจังหวัดที่มีประชากรส่วนใหญ่ราวร้อยละ ๘๗ นับถือศาสนาอิสลาม มีชาวพุทธอยู่ราว ๑๓ เปอร์เซ็นต์เท่านั้น แต่เชื่อหรือไม่ว่า จังหวัดนี้เคยเป็นเมืองพุทธศาสนามาก่อน เช่นเดียวกับรัฐไทรบุรีหรือเคดะห์ กลันตัน ปาหัง ตรังกานู ของมาเลเซีย ส่วนสาเหตุของการเปลี่ยนศาสนามีกล่าวกันไว้ ๒ ทาง คือเป็นเหตุผลส่วนตัวของผู้ครองเมือง กับมาจากความเปลี่ยนแปลงของยุคสมัย
การจะเล่าที่มาของจังหวัดปัตตานี ก็ต้องย้อนไปถึงอาณาจักรโบราณแห่งหนึ่งซึ่งมีชื่อว่า ลังกาสุกะ อันเป็นคำสมาสของคำว่า ลังกะ แปลว่า “แดนสุขาวดี” กับ สุกะ แปลว่า “ความสุขอันล้นพ้น” ซึ่งกรมศิลปากรได้ขุดพบโบราณสถานหลายแห่งอยู่ในเขตเมืองโบราณของอำเภอยะรัง จังหวัดปัตตานี
จดหมายเหตุราชวงศ์เหลียงของจีนบันทึกไว้ว่า อาณาจักรลังกาสุกะสถาปนาขึ้นราวพุทธศตวรรษที่ ๗ ประมาณ พ.ศ.๖๒๓-๖๔๓ ปกครองสองฝั่งทะเลจนจรดไทรบุรี รุ่งเรืองจากการค้าเพราะสถานที่ตั้งอยู่กึ่งกลางเส้นทางค้าขายของโลกตะวันตกกับตะวันออก แต่ต่อมาแผ่นดินได้งอกขึ้นจนทำให้เมืองอยู่ห่างฝั่งจนการค้าขายไม่สะดวก ทำให้อาณาจักรใกล้เคียงรุ่งเรืองขึ้นแทน ผู้คนจึงย้ายออกไปหาความเจริญกันมาก
ในปี พ.ศ.๒๐๑๒ พญาอินทิราได้ขึ้นครองราชย์ และเสด็จประพาสป่าพร้อมด้วยข้าราชบริพาร จนไปถึงหมู่บ้านชายทะเลแห่งหนึ่งซึ่งมีชายชราชื่อ เอนชิค ตานี มีอาชีพเป็นชาวประมงมาอาศัยเป็นคนแรก ต่อมาชาวบ้านจากที่ต่างๆได้ตามมาอยู่ด้วยจนเป็นหมู่บ้าน และเรียกชายชราผู้บุกเบิกว่า ปะตานี หรือ ป๊ะตานี ผู้คนจึงเรียกหมู่บ้านนี้ว่า หมู่บ้านปะตานี
พญาอินทิราเห็นว่าสถานที่นี้มีความสวยงามเหมาะจะสร้างเมืองใหม่ เป็นที่ราบกว้างและมีระดับสูง ปลอดภัยจากน้ำท่วมในฤดูฝน ชายทะเลด้านเหนือเป็นอ่าวขนาดใหญ่ มีแหลมยื่นไปในทะเลป้องกันคลื่นลม เหมาะที่จะจอดเรือค้าขายหรือแวะพัก ชาวประมงที่อยู่รอบอ่าวสามารถจับปลาที่มีอยู่อุดมสมบูรณ์ไม่ต้องออกไปทะเลนอก จึงทรงเกณฑ์ผู้คนมาสร้างพระตำหนัก ย้ายพระบรมวงศานุวงศ์และข้าราชการทั้งหมดมาอยู่ที่ใหม่ เป็นการย้ายเมืองหลวงมาอยู่ที่หมู่บ้านนี้
เมืองปะตานีเจริญรุ่งเรืองขึ้นอย่างรวดเร็ว เป็นที่รู้จักของพ่อค้าทั่วไป โดยเฉพาะพ่อค้าอาหรับที่มาค้าขายย่านนี้มาก ในยุคนั้นหัวเมืองย่านนี้ตั้งแต่ชุมพรลงไป ล้วนนับถือศาสนาพุทธฝ่ายมหายาน เรียกกันว่า เมือง ๑๒ นักษัตร มี
สายบุรี ถือตราหนู ของปีชวด
เมืองปัตตานี ถือตราโค ของปีฉลู
เมืองกลันตัน ถือตราเสือ ของปีขาล
เมืองปาหัง ถือตรากระต่าย ของปีเถาะ
เมืองไทรบุรี ถือตรางูใหญ่ ของปีมะโรง
เมืองพัทลุง ถือตรางูเล็ก ของปีมะเส็ง
เมืองตรังกานู ถือตราม้า ของปีมะเมีย
เมืองชุมพร ถือตราแพะ ของปีมะแม
เมืองปันท้ายสมอ ถือตราลิง ของปีขาล
เมืองอุเสา ถือตราไก่ ของปีระกา
เมืองตะกั่วป่า ถือตราสุนัข ของปีจอ
เมืองกระบุรี ถือตราหมู ของปีกุน
มีบันทึกว่า เมื่อคราวที่พระเจ้ามหาราช กษัตริย์ของเมืองศรีวิชัย ทรงสร้างพระธาตุไชยาจากพระธาตุเดิมที่ทรงพบ ให้สูงกว่าเก่า ๑๐ เท่า ทรงเกณฑ์เจ้าเมือง ๑๒ นักษัตรมาร่วมสร้างด้วย ตอนสร้างเสร็จเดินทางกลับ เจ้าเมืองกลันตัน ตรังกานู และปะหัง ผ่านมาทางยะลา ได้พบถ้ำแห่งหนึ่งจึงร่วมกันสร้างพระพุทธไสยาสน์ไว้ในถ้ำนี้ และได้เกิดสระน้ำใสสะอาดขึ้น จึงเชื่อกันว่าเป็นน้ำศักดิ์สิทธิ์ ได้ใช้เป็นน้ำอภิเษกในพระราชพิธีบรมราชาภิเษกมาตั้งแต่รัชกาลที่ ๖ จนถึงรัชกาลที่ ๑๐
นอกจากนี้จากการขุดค้นเมืองโบราณยะรัง ได้พบโบราณสถานหลายสิบแห่งที่บ่งบอกว่าเป็นโบราณสถานของศาสนาพุทธและพราหมณ์ แต่ที่ปะตานีเปลี่ยนมานับถือศาสนาอิสลามนั้น มีบันทึกกล่าวไว้ว่า
พญาอินทิราได้เกิดทรงประชวรด้วยโรคเรื้อน หมอทั้งหลายถวายการรักษาก็ไม่หาย จนกระทั่ง เชค ซาฟิยุดดิน ชาวมุสลิมที่อพยพมาจากเกาะสุมาตราอาสาที่จะถวายการรักษาโดยมีข้อแม้ว่า หากรักษาหายแล้วพญาอินทิราต้องเปลี่ยนมานับถือศาสนาอิสลาม พญาอินทิราก็รับคำ แต่เมื่อรักษาหายแล้วก็ไม่ทรงรักษาสัญญา โรคจึงได้กำเริบขึ้นอีก เชค ซาฟิซุดดินต้องรักษาให้ใหม่ และเมื่อหายแล้วก็ไม่รักษาสัญญาอีกเช่นเคย เป็นเช่นนี้ถึง ๓ ครั้ง จนกระทั่งครั้งที่ ๔ จึงทรงยอมทำตามสัญญา
กล่าวกันว่าที่ไม่ยอมเปลี่ยนศาสนานั้น ก็เพราะทรงเกรงว่าจะรักษาราชบัลลังก์ไว้ไม่ได้
เมื่อเจ้าเมืองเปลี่ยนศาสนาไปเช่นนี้ ศาสนาอิสลามก็แพร่จากราชสำนักไปถึงชาวบ้านจนกลายเป็นรัฐอิสลาม พญาอินทิราได้เปลี่ยนพระนามเป็น สุลต่านอิสมาเอล ชาฮ์ และมีชื่อรัฐว่า “ปะตานี ดารุสลาม” มีความหมายว่า “ปะตานี นครรัฐแห่งสันติภาพ” มีการทำลายพุทธสถาน ทั้งพุทธรูปและเทวรูป สร้างมัสยิดขึ้นแทน สุลต่านอิสมาเอล ชาฮ์ครองราชย์อยู่ถึงปี ๒๐๗๓ ประมุขของรัฐองค์ต่อๆมาก็ล้วนเป็นอิสลาม
แต่ข้อสันนิษฐานทางประวัติศาสตร์เชื่อว่า เหตุที่ปัตตานีกลายเป็นรัฐอิสลามนั้นก็เพราะ ยุคนั้นพ่อค้าอาหรับที่มาค้าขายต่างร่ำรวยกันทั้งนั้น จึงเกิดค่านิยมขึ้นว่าคนรวยล้วนเป็นมุสลิม เหตุนี้ทำให้มะละกาซึ่งเป็นเมืองท่าสำคัญได้กลายเป็นรัฐอิสลามแห่งแรก ตอนนั้นมะละกายังเป็นเมืองขึ้นของกรุงศรีอยุธยา และเห็นว่ากรุงศรีอยุธยากำลังมีศึกติดพันทางหัวเมืองฝ่ายเหนือ จึงแข็งเมืองไม่ส่งบุหงามาศ หรือดอกไม้เงินดอกไม้ทองให้กรุงศรีอยุธยาอีกต่อไป สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถจึงเกณฑ์ทัพหัวเมืองปักษ์ใต้ไปปราบในปี พ.ศ.๒๐๕๗ แต่ไม่ประสบความสำเร็จ
เมื่อกองทัพมะละกาสามารถต่อต้านกองทัพสยามได้ จึงแผ่อิทธิพลเข้ายึดไทรบุรี กลันตัน ปาหัง ตรังกานู ไปจากสยาม และลามมาถึงปะตานี พญาอินทิราจึงต้องยอมขึ้นกับมะละกา หันไปถือศาสนาอิสลามตั้งแต่บัดนั้น
ส่วนการที่ปะตานีเข้ามาอยู่ร่วมกับราชอาณาจักรสยามนั้น เกิดขึ้นในรัชกาลที่ ๑ สมัยกรุงรัตนโกสินทร์ ครั้งสงคราม ๙ ทัพ เมื่อกรมพระราชวังบวรมหาสุรสิงหนาทยกทัพไปขับไล่พม่าทางใต้ออกไปหมดแล้ว ทรงพระดำริว่า หัวเมืองในแหลมมลายูได้กระด้างกระเดื่องเมื่อเสียกรุง ครั้งกรุงธนบุรีก็ยังมิได้ปราบปราม ครั้งนี้กองทัพก็พร้อมอยู่ที่สงขลาแล้ว จึงดำรัสให้ข้าหลวงเชิญรับสั่งให้เมืองเหล่านั้นมาอ่อนน้อมดังแต่ก่อน บางเมืองก็ยอมแต่โดยดี ที่สู้รบก็มี ทรงเข้ายึดเมืองปะตานีไว้ได้ และนำปืนใหญ่พญาตานีมาไว้ที่หน้ากระทรวงกลาโหมในปัจจุบัน กลับมาเป็นประเทศราชของสยามตั้งแต่บัดนั้น และเรียกว่า ปัตตานี
ในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ทรงแยกอาณาจักรปัตตานีเป็น ๗ หัวเมือง และในรัชกาลที่ ๓ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯให้ราชวงศ์กลันตันมาปกครองปัตตานี ต่อมาใน พ.ศ.๒๔๔๕ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงเริ่มปรับปรุงการปกครองเป็นแบบมณฑลเทศาภิบาล และก่อตั้งมณฑลปัตตานีขึ้นในปี ๒๔๔๙ ปัตตานีจึงกลายเป็นส่วนหนึ่งของราชอาณาจักรสยามโดยสมบูรณ์ ในปี ๒๔๖๖ พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงทรงยุบมณฑลปัตตานี เปลี่ยนเป็น ๓ จังหวัดคือ ปัตตานี ยะลา และนราธิวาส จนถึงปัจจุบัน
ในอดีต อาณาจักรปัตตานีรุ่งเรืองเพราะมีคนไปมาค้าขายกันคึกคัก แต่ปัจจุบันความไม่สงบได้เกิดขึ้นในย่านนี้เป็นประจำ ทำให้นักท่องเที่ยวก็ยังขยาดไม่ค่อยจะกล้าไป บรรยากาศจึงซบเซาลง ยากที่จะเป็น “แดนสุขาวดี และความสุขอันล้นพ้น” เหมือนอดีต เพราะความสงบสุขในชีวิต ความมีอิสระในการทำมาหากิน และมีเสรีในการนับถือศาสนา เป็นความสุขอันล้นพ้นของคนทุกชาติทุกภาษาในโลก