พระเจ้าอู่ทองทรงสถาปนากรุงศรีอยุธยาขึ้นเป็นราชธานี และเสวยราชย์ขึ้นเป็นกษัตริย์พระองค์แรก จึงเป็นที่สงสัยกันว่า พระเจ้าอู่ทองเป็นใครมาจากไหน จึงมาสร้างกรุงศรีอยุธยาขึ้นได้ ซึ่งเหตุการณ์เหล่านี้เกิดขึ้นเมื่อ ๖๖๙ ปีมาแล้ว ทั้งยังไม่มีการบันทึกไว้อย่างศิลาจารึกของกรุงสุโขทัย เรื่องราวของพระเจ้าอู่ทองจึงมีข้อสันนิษฐานกันมากมาย ส่วนใหญ่ก็เหมือนนิยายที่ต่างคนต่างแต่ง นักประวัติศาสตร์และนักโบราณคดีจึงต้องค้นคว้าหาหลักฐานมาพิสูจน์กันว่า แท้ที่จริงแล้วพระเจ้าอู่ทองเป็นใคร มาจากไหนกันแน่
ที่ว่าเป็นโอรสพระเจ้ากรุงจีนถูกเนรเทศมา ซึ่งเล่าไปเมื่อวันก่อนตามที่วันวลิตบันทึกไว้ ก็ดูเป็นนิยายอิงประวัติศาสตร์ และหลายสิ่งก็ไม่ตรงกับข้อเท็จจริงในวันนี้ ผู้แปลบันทึกนี้ของกรมศิลปากรได้โน้ตท้ายหน้าไว้ว่า อย่างเมืองที่อ้างว่าพระเจ้าอู่ทองเป็นผู้สร้าง เช่น พริบพลี ก็มีมาตั้งแต่สมัยพระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ แห่งกัมพูชา ส่วน พิษณุโลก สุโขทัย กำแพงเพชร มีอยู่ในศิลาจารึกตั้งแต่สมัยพ่อขุนรามคำแหงมาแล้ว ที่ว่าพระเจ้าอู่ทองไปประทับอยู่กัมพูชา ๙ ปี และสร้างนครวัดขึ้นก่อนกลับมาสวรรคตที่กรุงศรีอยุธยา พงศาวดารไทยต่างระบุว่าพระเจ้าอู่ทองทรงส่งพระราเมศวรไปตีเมืองพระนครแต่ไม่สำเร็จ จึงรับสั่งให้ขุนหลวงพะงั่ว พระเชษฐาพระมเหสีจากสุพรรณบุรีให้ไปช่วยหลาน ...เอาเป็นว่าเรื่องนี้ฝรั่งไปเอานิยายสมัยนั้นมาเล่าก็แล้วกัน
อีกแนวคิดหนึ่งว่า พระเจ้าอู่ทองเป็นขอมในราชวงศ์วรมันที่ครองอาณาจักรกัมพูชามาถึง ๕๐๐ ปี แต่ในปี พ.ศ.๑๘๗๙ เป็นต้นมา ราชวงศ์วรมันก็สิ้นสุดลง กษัตริย์ราชวงศ์ใหม่มีชื่อว่า ตระซอกเปรแอม หรือ พระเจ้าแตงหวาน มาจากสามัญชน และกวาดล้างกลุ่มอำนาจเก่าจนสิ้นซาก ทำให้กลุ่มราชวงศ์วรมันต้องหนีตายมาพึ่งพรรคพวกที่ลพบุรี อีกกลุ่มได้มาตั้งเมืองใหม่ขึ้นคือกรุงศรีอยุธยาในอีก ๑๔ ปีต่อมา ซึ่งกลุ่มนี้มีพระเจ้าอู่ทองเป็นหัวหน้า ทั้งฝ่ายกัมพูชาใหม่ยังเรียกกลุ่มวรมันที่ถูกกำจัดออกไปว่าเป็นพวกสยาม และเรียกชื่อเมืองพระนครใหม่ว่า เสียมเรียบ หมายถึงสยามถูกขจัดออกไปหมดนั่นเอง แนวคิดนี้ยังสนับสนุนคำกล่าวที่ว่า ชาวกัมพูชาในปัจจุบันไม่ใช่เชื้อสายของขอม แต่เป็นพวกจามจากชายแดนที่ขอมเอามาเป็นทาส ตอนนั้นขอมรุ่งเรืองใช้ชีวิตหรูหรา แต่ละคนมีทาสกันมากมาย ในที่สุดทาสที่มีตาแตงหวานเป็นหัวหน้าก็ยึดอำนาจเจ้านายเสียเลย
แนวคิดอีกแนวหนึ่งอ้างว่า พระเจ้าอู่ทองก็คือลูกของท้าวแสนปมนั่นเอง เรื่องนี้ปรากฏในพระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยา ฉบับสมเด็จพระปรมานุชิตชิโนรสว่า ใน พ.ศ.๑๘๖๓ ท้าวแสนปมได้ไปสร้างเมืองใหม่ชื่อเมืองเทพนคร และขึ้นครองราชย์ ทรงพระนามว่า พระเจ้าสิริไชยเชียงแสน ต่อมามีพระราชโอรสองค์แรก จึงได้เอาทองคำมาทำพระอู่ให้บรรทม ปรากฏพระนามสืบต่อมาว่า เจ้าอู่ทอง เมื่อพระเจ้าสิริไชยเชียงแสนทิวงคตเมื่อ พ.ศ.๑๘๘๗ เจ้าอู่ทองจึงครองราชย์ต่อจากพระราชบิดา ต่อมาจึงมาสถาปนากรุงเทพทวารวดีศรีอยุธยาขึ้นเป็นเมืองหลวงใหม่ใน พ.ศ.๑๘๙๓ และทรงพระนามว่า สมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ ซึ่งเรื่องนี้ถูกนำมาเป็นเค้าโครงบทละครพระราชนิพนธ์เรื่อง “ท้าวแสนปม” ของพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว
ที่มาของพระเจ้าอู่ทองที่ได้รับความเชื่อถือกันมากที่สุดในยุคก่อนหน้านี้ เป็นแนวคิดของสมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพ “พระบิดาแห่งประวัติศาสตร์ไทย” ซึ่งเสด็จไปตรวจราชการเมืองสุพรรณบุรีเมื่อ พ.ศ.๒๔๔๖ และได้ไปทอดพระเนตรเมืองอู่ทอง ต่อมาทรงนิพนธ์ไว้ว่า
“มีตำนานทางเมืองสุพรรณบุรีเชื่อถือกันมาจนทุกวันนี้ว่า เดิมพระเจ้าอู่ทองอยู่ทางเมืองสุพรรณบุรี เมืองของพระเจ้าอู่ทองก็ยังมีอยู่ริมแม่น้ำจระเข้สามพัน ในระหว่างเมืองสุพรรณบุรีทุกวันนี้กับเมืองกาญจนบุรี
ข้าพเจ้าได้ไปถึงเมืองอู่ทองเมื่อปีเถาะ จุลศักราช ๑๒๖๕ พ.ศ.๒๔๔๖ ได้เห็นเมืองโบราณมีเชิงเทินกำแพงเมืองใหญ่โต
ความคิดเห็นเกิดแก่ข้าพเจ้าในครั้งนั้นว่า ที่เรียกในศิลาจารึกและหนังสือโบราณว่าเมืองสุพรรณภูมิหรือสุวรรณภูมินั้น จะหมายว่าเมืองอู่ทองนี้เอง มิใช่เมืองสุพรรณบุรีทุกวันนี้ที่ตั้งเมื่อภายหลัง
คำว่าสุวรรณภูมิเป็นภาษามคธ แปลว่าที่เกิดทองหรือที่มีทอง ในภาษาไทยก็ตรงกับคำว่าอู่ทอง เช่นที่พูดกันว่าอู่ข้าวอู่น้ำ เพราะฉะนั้นชื่อเมืองอู่ทองนี้เป็นชื่อภาษาไทยของเมืองสุวรรณภูมินั้นเอง
เมื่อคิดเห็นเช่นนี้ก็คิดเห็นตลอดไปว่าที่เรียกพระเจ้าอู่ทองนั้น เห็นจะไม่ใช่มาจากบรรทมเปลทองอย่างพงศาวดารว่าเป็นแน่แล้ว คงจะเป็นพระนามที่เรียกเจ้าผู้ปกครองเมืองอู่ทอง อย่างเราเรียกพระเจ้าเชียงใหม่ พระเจ้าน่าน เจ้าองค์ใดครองเมืองอู่ทองก็เรียกว่าพระเจ้าอู่ทองทุกองค์
เพราะฉะนั้นพระเจ้าอู่ทองที่สร้างกรุงศรีอยุธยานี้ จะเป็นโอรสนัดดาสืบพระวงศ์มาแต่ผู้ใด และได้มีประวัติแต่เดิมมาอย่างไรก็ตาม เมื่อก่อนจะมาสร้างกรุงศรีอยุธยา คงเป็นเจ้าครองเมืองอู่ทอง หรือที่เรียกในภาษามคธว่าเมืองสุวรรณภูมิอยู่ก่อนจริงดังตำนานเมืองสุพรรณ
ความคิดอย่างนี้ ข้าพเจ้าได้เขียนลงในรายงานตรวจราชการเมืองสุพรรณบุรี พิมพ์เมื่อเดือนกุมภาพันธ์ ปีมะเส็ง จุลศักราช ๑๒๖๗ พ.ศ.๒๔๔๘ ต่อมาสมาชิกในโบราณคดีสโมสรได้รับความคิดเห็นเช่นนี้ว่าเป็นถูกต้อง”
ความคิดที่ว่าพระเจ้าอู่ทองทรงครองราชย์อยู่ที่เมืองอู่ทองก่อนมาสถาปนากรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานีแห่งใหม่นี้ ได้รับความเชื่อถืออย่างกว้างขวาง แต่เมื่อ พ.ศ.๒๕๐๗ กรมศิลปากรได้เชิญ ศาสตราจารย์ ช็อง บัว เซอริเยร์ ผู้เชี่ยวชาญโบราณคดีเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ แห่งมหาวิทยาลัยซอร์บอน ประเทศฝรั่งเศส มาช่วยสำรวจโบราณสถานในประเทศไทย และได้สรุปผลสำรวจไว้เมื่อ พ.ศ.๒๕๑๑ว่า เมืองอู่ทองที่เชื่อกันว่าพระเจ้าอู่ทองอพยพหนีโรคห่ามาสร้างกรุงศรีอยุธยานั้น ได้เป็นเมืองร้างไปก่อนที่จะมีการสร้างกรุงศรีอยุธยาราว ๓๐๐ ปีมาแล้ว ฉะนั้นจึงเป็นไปไม่ได้ที่พระเจ้าอู่ทองจะอพยพมาจากเมืองอู่ทอง
เรื่องนี้ อาจารย์มานิต วัลลิโภดม ผู้เชี่ยวชาญโบราณคดีและประวัติศาสตร์ กรมศิลปากร ซึ่งเคยสำรวจเมืองอู่ทอง ได้เขียนบทความในช่วงปี พ.ศ.๒๕๐๕ - ๒๕๐๖ เปิดเผยผลสำรวจมาแล้วว่า เมืองอู่ทองร้างมาก่อนที่พระเจ้าอู่ทองจะสร้างกรุงศรีอยุธยาไม่ต่ำกว่า ๒๐๐ ปี
ต่อมารองศาสตราจารย์ศรีศักดิ์ วัลลิโภดม อาจารย์ประจำคณะโบราณคดี มหาวิทยาลัยศิลปากร ซึ่งเป็นบุตรของอาจารย์มานิต เคยสำรวจเมืองอู่ทอง ละโว้ และอยุธยา ตลอดจนแหล่งโบราณคดีทางประวัติศาสตร์อื่นๆ มาแล้ว ได้เขียนบทความเมื่อเดือนมิถุนายน พ.ศ.๒๕๐๙ ระบุว่าพระเจ้าอู่ทองไม่ได้มาไกลจากไหนก่อนที่จะมาสร้างกรุงศรีอยุธยา แต่ได้ครองกรุงอโยธยาซึ่งอยู่อีกฝั่งของแม่น้ำเจ้าพระยา ที่มีวัดพนัญเชิงซึ่งสร้างมาก่อนกรุงศรีอยุธยา ต่อมามีเหตุอย่างใดอย่างหนึ่งจึงมาสร้างราชธานีใหม่ที่ฝั่งตรงข้าม
ส่วนอาจารย์มานิตได้ค้นคว้าเอกสารโบราณหลายฉบับ และได้เขียนบทความชื่อ
“สมเด็จพระรามาธิบดีศรีอโยธยา” ซึ่งคณะกรรมการจัดพิมพ์เอกสารทางประวัติศาสตร์ได้รวบรวมพิมพ์อยู่ในหนังสือ “เฉลิมพระราชอนุสาวรีย์สมเด็จพระรามาธิบดีศรีสุนทรบพิตร พระพุทธิเจ้าอยู่หัว” เป็นที่ระลึกเนื่องในอภิลักขิตสมัยพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช เสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดพระราชอนุสาวรีย์สมเด็จพระเจ้าอู่ทองรามาธิบดีที่ ๑ และอยุธยาปราสาท เมื่อวันที่ ๒๔ มิถุนายน พ.ศ.๒๕๑๓
บทความนี้ได้ลำดับเรื่องราวของเมืองอโยธยาศรีรามเทพนคร ตั้งแต่ประมาณ พ.ศ.๑๖๒๕ มีกษัตริย์ปกครอง ๑๐ พระองค์ ซึ่งพระองค์ที่ ๑๐ ก็คือ พระเจ้าอู่ทอง ครองราชย์มาตั้งแต่ปี พ.ศ.๑๘๘๗ ก่อนจะย้ายราชธานีใน พ.ศ.๑๘๙๓
จึงสรุปในขณะนี้ได้ว่า พระเจ้าอู่ทองไม่ได้มาไกลจากเมืองจีนหรือเขมร แต่เป็นกษัตริย์ที่ครองกรุงอโยธยาศรีรามเทพนคร ก่อนที่จะข้ามแม่น้ำมาสถาปนากรุงศรีอยุธยาในปี พ.ศ.๑๘๙๓ หากต่อไปพบหลักฐานใหม่ที่น่าเชื่อถือได้มากกว่านี้ ประวัติศาสตร์ก็ต้องเปลี่ยนความเชื่ออีกครั้ง เป็นเรื่องธรรมดาของการเชื่อถือกันด้วยหลักฐาน