เมื่อสมเด็จพระนารายณ์ประสูตินั้น พระญาติต่างเห็นกันว่ามีสี่กร พระเจ้าปราสาททองจึงพระราชทานนามพระราชโอรสว่า “พระนารายณ์ราชกุมาร” และเชื่อกันว่าเป็นผู้มีบุญญาธิการ แม้ฟ้าผ่าเมื่อพระชนม์ ๕ พรรษาและ ๙ พรรษา คนโดยรอบสลบหมด แต่พระองค์กลับไม่เป็นอันตราย ครั้นพระเจ้าปราสาททองสวรรคต กลับมอบราชสมบัติให้ เจ้าฟ้าไชย พระราชโอรสที่เกิดจากพระอัครมเหสี จึงไม่เป็นที่พอใจของสมเด็จพระนารายณ์ และพระศรีสุธรรมราชา พระญาติใกล้ชิดผู้หนึ่งซึ่งพระเจ้าปราสาททองถือว่าเป็นพระอนุชา
หลังจากเจ้าฟ้าไชยครองราชย์ได้ ๙ เดือน สมเด็จพระนารายณ์และพระศรีสุธรรมราชาก็คบคิดกันเข้าชิงอำนาจ พระนารายณ์ได้แอบพาพระราชกัลยาณี พระขนิษฐาที่เกิดจากพระมารดาเดียวกัน หลบหนีออกจากวัง ไปสมทบกับพระเจ้าอา ยกกำลังบุกวังหลวง จับเจ้าฟ้าไชยไปสำเร็จโทษ ให้พระเจ้าอาขึ้นครองราชย์ เป็นสมเด็จพระสรรเพชญ์ที่ ๗ หรือสมเด็จพระศรีสุธรรมราชาธิราช ให้สมเด็จพระนารายณ์ พระนัดดาขึ้นเป็นมหาอุปราช กรมพระราชวังบวร
เมื่อตอนที่พระเจ้าปราสาททองปราบดาภิเษกขึ้นครองราชย์บัลลังก์นั้น ได้ตรัสกับข้าราชบริพารทั้งหลายไว้แล้วว่า
"น้องเราคนนี้น้ำใจกักขฬะหยาบช้า มิได้มีหิริโอตัปปะ จะให้เป็นอุปราชรักษาแผ่นดินต่างพระเนตรพระกรรณมิได้ ให้เป็นแต่เจ้าพระ ชื่อ พระศรีสุธรรมราชา"
พอมีอำนาจ สมเด็จพระศรีสุธรรมราชา ก็ขาดหิริโอตัปปะอย่างที่พระเจ้าปราสาททองตรัสไว้ เกิดพระทัยเสน่หาพระเจ้าหลานในวัย ๒๐ พรรษา กล่าวกันว่าพระราชกัลยาณีทรงมีสิริโฉมงดงาม ใครได้ยลโฉมแล้วต่างก็เกิดจิตเสน่หา จึงรับสั่งให้ขึ้นไปเฝ้าบนที่ประทับ หวังจะร่วมรสสังวาสกับพระเจ้าหลาน แต่พระราชกัลยาณีไม่พอพระทัย หนีลงมายังพระตำหนักฟ้องพระนม พระนมจึงให้พระราชกัลยาณีเข้าแอบในตู้พระสมุด แล้วให้คนหามออกมาอ้างว่าจะเอาตู้พระสมุดไปวังหน้า นายประตูก็มิได้สงสัย ครั้นไปถึงพระราชวังบวรสถานมลคล พระราชกัลยาณีก็ออกจากตู้เข้าเฝ้าพระเชษฐา กรรแสงทูลเล่าที่พระเจ้าอาจะทำมิดีมิร้ายให้ทรงทราบ สมเด็จพระนารายณ์ก็ทรงพิโรธ ตรัสว่า
“อนิจจา พระเจ้าอาเรานี้ คิดว่าสมเด็จพระบิตุราชสวรรคตแล้ว ยังแต่พระเจ้าอาก็เหมือนหนึ่งพระบรมราชบิดายังอยู่ จะได้ปกป้องพระราชวงศานุวงศ์สืบไป ควรหรือมาเป็นได้ดังนี้ พระองค์ปราศจากหิริโอตตัปปะแล้ว ไหนจะครองสมบัติเป็นยุติธรรมเล่า น่าที่จะร้อนอกสมณะชีพราหมณ์อาณาประชาราษฎรไพร่ฟ้าข้าแผ่นดินเป็นแท้ จะละไว้มิได้...”
จึงรับสั่งเรียกขุนนางวังหน้าเข้ามาปรึกษาแล้วเล่าเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น ความจริงตอนนั้นพระนารายณ์กับพระเจ้าอาก็มีเรื่องขัดแย้งกันอยู่หลายประการ พอเกิดเรื่องพระราชกัลยาณีขึ้นมาจึงถือโอกาสแตกหัก ขุนนางเหล่านั้นก็ทูลอาสาขอเอาชีวิตแทนพระคุณ แล้วเกณฑ์ไพร่พลเข้าสนับสนุน ยกกำลังกันบุกวังหลวง
กล่าวกันว่ากองกำลังของสมเด็จพระนารายณ์ครั้งนี้เป็นกองกำลังนานาชาติ นอกจากมี พระยาเสนาภิมุข เจ้ากรมอาสาญี่ปุ่น หลวงวิสุทธิ์สงคราม เจ้ากรมอาสาจาม หลวงพิชิตเดชะ เจ้ากรมเกณฑ์หัดอย่างฝรั่ง ซึ่งน่าจะเป็นชาวโปรตุเกส สมิงเสนะไชย กับ พระยาอนันทกะยอสู เจ้ากรมโขลงซ้ายและโขลงขวาที่เป็นมอญและพม่าแล้ว ยังมีกลุ่มคนมลายูและปัตตานีที่นำเรือเข้ามาพอดี โดยมีกลุ่มมุสลิมจากเปอร์เซียที่เคยช่วยพระเจ้าปราสาททองปราบญี่ปุ่นมาแล้วเป็นกำลังสำคัญ คืนนั้นสมเด็จพระนารายณ์ได้เข้าทำพิธีพิธีกับกลุ่มแขกเจ้าเซ็น ด้วยอยู่ในช่วงเดือนมุฮัรรอมพอดี ชาวเปอร์เซียได้ขอนำขบวนแห่เข้าไปถวายพระพรสมเด็จพระศรีสุธรรมราชาถึงในพระราชวัง โดยซ่อนอาวุธไปด้วย และรออยู่จนสมเด็จพระนารายณ์เสด็จมา จึงเปิดฉากขึ้น
สงครามชิงอำนาจกันครั้งนี้ เริ่มตั้งแต่พลบค่ำ ต่างฝ่ายต่างล้มตายกันเกลื่อน จนรุ่งเช้าวังหน้าก็ยังบุกเข้าวังหลวงไม่ได้ พระนารายณ์จึงให้ไปลากปืนใหญ่มา ๓ กระบอก ระดมยิงเข้าไปในวังหลวง จากนั้นก็ทรงช้างนำขบวนบุก พระเจ้าอาหนีไปอยู่วังหลัง พระเจ้าหลานก็ตามไปจับตัวได้ นำไปสำเร็จโทษตามระเบียบ ขณะที่พระศรีสุธรรมราชาครองราชย์มาได้ ๒ เดือนกับ ๒๐วัน
สมเด็จพระนารายณ์ขึ้นครองราชย์ พระราชกัลยาณีก็ครองโสดจนสิ้นแผ่นดินสมเด็จพระนารายณ์ เมื่อพระเพทราชาขึ้นครองราชย์ พระราชกัลยาณีมีพระชนมายุ ๕๒ พรรษาแล้ว พระสิริโฉมก็คงยังงดงามอยู่ พระเพทราชาก็เลยรวบรัดสถาปนาให้เป็น กรมหลวงโยธาทิพ ตำแหน่งพระอัครมเหสีฝ่ายขวา แม้พระราชกัลยาณีไม่ปลงพระทัยด้วย อ้างเอาอาการพระชวรเข้าช่วยเมื่อสมเด็จพระเพทราชาเสด็จมาที่บรรทมในพระตำหนัก แต่ก็ช่วยได้เพียงครั้งเดียว ต่อมาก็ต้องยอมรับ เพราะไม่มีพระเชษฐาช่วยได้แล้ว
ต่อมากรมหลวงโยธาทิพ ประสูติพระโอรสมีนามว่า เจ้าพระขวัญ กล่าวกันว่าในวันประสูตินั้นเป็นอัศจรรย์แผ่นดินไหว มีผู้คนนับถือกันมากว่าเป็นพระราชนัดดาของสมเด็จพระนารายณ์ จนพระเจ้าเสือขณะเป็นกรมพระราชวังบวรหวั่นพระทัย เกรงว่าพระเพทราชาจะยกราชบัลลังก์ให้พระขวัญ พอสมเด็จพระเพทราชาประชวร พระเจ้าเสือก็ให้มหาดเล็กไปหลอกเจ้าพระขวัญมาสำเร็จโทษเสียดื้อๆ
เมื่อพระเจ้าเสือได้ราชสมบัติแล้ว กรมหลวงโยธาทิพก็ทูลลาออกไปตั้งพระตำหนักอยู่ที่ใกล้วัดพุทไธสวรรค์ และเสด็จสวรรคต ณ พระตำหนักนั้นเมื่อพระชนม์ ๗๐ พรรษา