พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้มีพระราชดำริ ให้ดำเนินการแก้ไขปัญหาน้ำเสีย โดยให้ดำเนินการโครงการเล็กๆ ก่อนเพราะถ้ารอต่อไปก็ยิ่งจะไม่มีงบประมาณเนื่องจากยิ่งนานวันวัสดุราคาสูงขึ้นจำนวนเงินก็จะเพิ่มสูงขึ้นด้วยและพระองค์ได้พระราชทานพระราชดำริถึงแนวทางในการแก้ไขปัญหาน้ำเสียในเขตพื้นที่ชั้นใน ของกรุงเทพมหานครว่าควรวางนโยบายกระทำไป พร้อมกับการแก้ไขปัญหาน้ำท่วมด้วย โดยใช้หลักธรรมชาติเข้าแก้ไข เช่น เวลาน้ำลงก็ให้เปิดประตูระบายน้ำตามคลองต่าง ๆ เพื่อระบายน้ำเน่าออกสู่ทะเล
เมื่อวันที่ 4 เมษายน 2528 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้เสด็จพระราชดำเนินโดยรถยนต์ พระที่นั่งจากพระตำหนักจิตรลดารโหฐาน เพื่อตรวจดูการเตรียมการป้องกันน้ำท่วมตลอดจนการขุดลอกคูคลองระบายน้ำตามจุดต่างๆในเขตกรุงเทพมหานคร จำนวน 6 แห่ง ซึ่งสร้างขึ้นตามโครงการป้องกันน้ำท่วมในเขตกรุงเทพมหานครและปริมณฑลพร้อมทั้งตรวจสภาพน้ำเน่าเสียตามคลองต่าง ๆ ในเขตกรุงเทพมหานครและพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมีรับสั่งกับเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้องว่าการระบายน้ำออกจากคลองอย่างที่กระทำอยู่ในเวลานี้ยังไม่ถูกระบบ เป็นเพียงการสูบน้ำจากภายในออกสู่แม่น้ำเจ้าพระยาอย่างเดียว ทางที่ดีเวลาน้ำทะเลขึ้นก็ควรปล่อยให้น้ำไหลเข้ามาบ้างแล้วก็สูบน้ำทิ้งจะได้ประโยชน์มาก
ในระหว่างที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงแนะนำเจ้าหน้าที่จากกรมชลประทานและกรุงเทพมหานคร สมเด็จพระ-เทพรัตนราชสุดาฯ ได้เสด็จพระราชดำเนินมาร่วมสมทบด้วยและพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมีพระราชดำริแนะนำให้เจ้าหน้าที่ ที่เกี่ยวข้องแก้ไขปัญหาเรื่องน้ำเน่าให้หมดไป เช่น ที่คลองสามเสนก็ต้องเร่งดึงน้ำจากด้านนอกให้ไหลเข้ามาในคลองให้มาก คลองบางกะปิ คลองแสนแสบ ซึ่งเป็นจุดที่ต่ำมากต้องพยายามแก้ไขน้ำเน่าให้หมดโดยเร็ว โดยการปล่อยน้ำจากคลองเทเวศร์ คลองสามเสนเข้ายังคลองแสนแสบและให้ไหลลงสู่คลองพระโขนง นอกจากนี้ก็ให้ตั้งเครื่องสูบน้ำออกไปซึ่งเป็นการจัดระบบระบายน้ำอย่างง่าย ๆ ตามธรรมชาติ
ส่วนในบริเวณคลองลาดพร้าว มีรับสั่งว่าให้ทางกรมชลประทานดึงน้ำจากคลองบางเขนมาให้มากและให้เร่งสูบน้ำ การสูบน้ำในแต่ละจุดนั้นทรงแนะนำว่าคนเฝ้าสูบหรือเจ้าหน้าที่ประจำสถานีสูบน้ำแต่ละแห่งอย่าให้หลับ ติดต่อโทรศัพท์ไม่ได้ก็ให้ใช้วิทยุสั่งการเจ้าหน้าที่จากศูนย์ก็ให้คอยเตือน อย่าฟังแต่ รายงาน ควรสั่งงาน เช็คกันทุกๆ ด้าน ให้รายงานให้ทราบเพื่อการทำงานไม่เสียกำลัง น้ำจะได้ไหลสะดวก และไม่เสียกำลังสูบ
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้มีพระราชดำริ ให้ดำเนินการแก้ไขปัญหาน้ำเสีย โดยพระองค์ทรงเน้นให้เห็นความสำคัญของการควบคุมระดับน้ำในคลองสายหลักให้ถูกต้องตามภาวะการณ์ และลักษณะภูมิประเทศโดยในฤดูฝนให้รักษาระดับน้ำโดยคำนึงถึงการป้องกันน้ำท่วม และการบรรเทาอุทกภัยเป็นสำคัญ ส่วนฤดูแล้งตั้งแต่เดือนพฤษภาคมถึงเดือนมิถุนายนควรจะต้องควบคุมระดับน้ำ และนำน้ำสะอาดจากแม่น้ำเจ้าพระยาหรือทุ่งด้านนอกเข้ามาถ่ายเทน้ำเสียโดยพยายามใช้หลักการไหลตามธรรมชาติ (Gravity Flow) มากที่สุดเพื่อประหยัดค่าใช้จ่ายในการเดินเครื่องสูบน้ำโดยทรงแนะนำให้เปิดประตู ูระบายน้ำ เมื่อระดับน้ำในแม่น้ำเจ้าพระยาสูงสุด ให้น้ำจากแม่น้ำเข้าไปในคลองหลักได้แก่คลองบางเขน คลองสามเสน คลองผดุงกรุงเกษม คลองหลอด คลองบางลำพู และคลองด้านเหนือ ได้แก่คลองสอง คลองลาดพร้าว และให้น้ำในคลองไหลในลักษณะทางเดียว (One Way)ไปทางประตูน้ำทางด้านใต้ ทรงกำชับควบคุมการเปิด-ปิดประตูระบายน้ำให้ถูกจังหวะ และเพื่อให้ได้ผลในการทำความสะอาดคลองมากที่สุด และทรงเตือนมิให้ระดับน้ำขึ้นสูงจนมีปัญหาน้ำล้นในพื้นที่ลุ่มต่ำ
นอกจากนี้พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวยังทรงมีพระราชดำริให้ดำเนินการแก้ไขปัญหาน้ำเสียด้วยวิธีง่ายๆ และได้ประโยชน์หลายด้านโดยเสียค่าใช้จ่ายไม่มากนัก ในลักษณะการสร้าง "ชักโครกเมืองหลวง" โดยให้จัดหาพื้นที่บริเวณด้านทิศเหนือของกรุงเทพมหานคร มาจัดสร้างเป็นสระน้ำขนาดใหญ่ ไว้กักเก็บน้ำที่ปล่อยทิ้งลงทะเลโดยเปล่าประโยชน์ ทำหน้าที่เป็นเสมือนชักโครกบำบัดน้ำเสียให้แก่กรุงเทพมหานคร จากพระราชดำริดังกล่าว กรุงเทพมหานครจึงได้จัดทำโครงการ ดังนี้
-โครงการปรับปรุงบึงมักกะสัน
-โครงการบึงพระราม 9
ข้อมูล : http://www.bma.go.th/html/page60.html