นับจากเมื่อวันที่ 15 ก.ค.2547 หลังจากพนักงานอัยการฝ่ายคดีอาญา 10 เป็นโจทก์ยื่นฟ้อง นายนัจมุดดีน อูมา ส.ส.นราธิวาส พรรคไทยรักไทย ในขณะนั้น และนายอารีฟ หรือ ฮารีฟ โซ๊ะโก ร่วมกันเป็นจำเลยในความผิดฐานร่วมกันเป็นกบฏแบ่งแยกราชาอาณาจักร , สะสมกำลังพลและอาวุธสมคบกันเพื่อเป็นกบฏ , ร่วมกันเป็นอั้งยี่สมคบกันเป็นซ่องโจร ระวางโทษประหารชีวิต และพรรคพวกซ่องโจรได้กระทำผิดตามความมุ่งหมายของซ่องโจรนั้น , ร่วมกันฆ่าเจ้าพนักงานซึ่งกระทำตามหน้าที่โดยไตร่ตรองไว้ก่อน , ร่วมกันข่มขืนใจผู้อื่นให้กระทำการหรือไม่กระทำการใด ร่วมกันหน่วงเหนี่ยวกักขังให้ผู้อื่นปราศจากเสรีภาพ , ร่วมกันปล้นทรัพย์โดยมีและใช้อาวุธปืนโดยใช้ยานพาหนะกระทำความผิดเป็นเหตุให้ผู้อื่นถึงแก่ความตาย , ร่วมกันกระทำผิดฐานก่อการร้าย ,ร่วมกันมีอาวุธและเครื่องกระสุนปืนไว้ในครอบครอง , พกพาอาวุธปืนติดตัวไปในที่สาธารณะโดยไม่ได้รับอนุญาต และไม่มีเหตุอันสมควร และเป็นผู้จ้างวานใช้ให้ผู้อื่นกระทำความผิด รวม 12 ข้อกล่าวหา ระวางโทษสูงสุดถึงขั้นประหารชีวิต และสั่งให้จำเลยชดใช้ค่าอาวุธปืนเอ็ม 16 จำนวน 400 กระบอก ซึ่งถูกปล้นไปจากค่ายกองพันทหารพัฒนาที่ 4 จ.นราธิวาส เป็นจำนวนกว่า 7 ล้านบาท คืนให้กับกองทัพบก
โดยคดีเดียวกัน อัยการได้มีความเห็นควรสั่งฟ้องผู้ต้องหา ประกอบด้วย นายมะแซ อุเซ็ง ผู้ต้องหาที่ 1, นายอัมเยาะ หรือฮามีเยาะ สะอุ ผู้ต้องหาที่ 12, นายนอรอดึง หรือมะรูดึง บินบือราเฮง ผู้ต้องหาที่ 14, นายแบมะ ไม่ทราบนามสกุล ผู้ต้องหาที่ 17, นายสมาน หรืออุสมาน วอฮะ ผู้ต้องหาที่ 18 ส่วนผู้ต้องหาที่เหลืออีก 26 คน อัยการสั่งไม่ฟ้อง โดยเหตุผลว่าเพราะพยานหลักฐานไม่พอฟ้อง และผู้ต้องหาบางคนให้การเป็นประโยชน์ต่อรูปคดี จึงกันไว้เป็นพยาน
คดีดังที่ถือเป็นเหตุแห่งปฐมบท ของไฟใต้ มาวันนี้เป็นเวลาจวบปีครึ่ง ที่ศาลใช้เวลาพิสูจน์ความจริง ในที่สุดแล้วคดีนี้จะลงเองเช่นไร ชะตากรรมของจำเลยขึ้นอยู่กับคำตัดสินของศาล ที่จะมีคำพิพากษาในวันที่ 15 ธ.ค.ที่จะถึงนี้
และเพื่อเป็นการนับถอยหลัง ความหวังแห่งคำพิพากษาของศาลสถิตยุติธรรม ว่าท้ายที่สุดแล้ว จำเลยจะถูกพิพากษาลงโทษ หรือ จำเลยพ้นผิด เหมือนกับคดีความไม่สงบ อย่างคดี เจไอ และ เบอร์ซาตู ที่สุดท้าย ศาลพิพากษายกฟ้อง
30 ก.ค.47 ศาลแถลงเปิดคดี โดยจำเลยทั้งสองให้การปฏิเสธตลอดข้อกล่าวหา ฝ่ายโจทก์-จำเลย นำสืบพยานเรื่อยมา ใช้เวลาสืบพยานประมาณร่วม 30 นัด
ในวันแถลงเปิดคดี อัยการโจทก์นำสืบพยานปากแรกเป็นกรณีเร่งด่วน คือ นายมะยูโซ๊ะ หะยีมมะ ผู้ใหญ่บ้านบึงลา ต.โต๊ะเด็ง อ.สุไหงปาดี จ.นราธิวาส ผู้ต้องหาที่ 13 ที่อัยการสั่งไม่ฟ้องและกันตัวไว้เป็นพยาน
นายมะยูโซ๊ะ เบิกความ ยอมรับว่า ระหว่างเดือน พ.ย.-พ.ค.2546 ได้มีการประชุมรวม 3 ครั้ง ทั้งที่บ้านจำเลยที่ 1 และโรงเรียนสัมพันธ์วิทยา ซึ่งพยานได้ร่วมอยู่ในการประชุมด้วย โดยมีนายนัจมุดดีน เป็นประธานนอกจากนี้นายอนุพงศ์ พันธชยางกูร กำนัน ต.โต๊ะเด็ง ผู้ต้องหาคดีความมั่นคง จำเลยคดีร่วมกันฆ่าตำรวจภาคใต้ ก็เคยเรียกประชุม ที่ อบต.โต๊ะเด็ง โดยการพูดถึงรัฐปัตตานี และการสอนศาสนา อย่างไรก็ดี พยานยืนยันว่า ไม่เคยเข้าร่วมขบวนการใด ๆ รวมถึงขบวนการเบอร์ซาตู และรู้จักจำเลยที่ 1 ในฐานะ ส.ส.นราธิวาส เท่านั้น แต่พยานไม่เคยเป็นหัวคะแนนเพียงแค่ลงคะแนนให้ และเคยพูดคุยกันครั้งเดียวเมื่อ 10 ปีที่ผ่านมา ส่วนจำเลยที่ 2 ไม่รู้จักกันมาก่อน
26 ก.ย.48 พ.ต.อ.ไพบูลย์ เวชอรุณ ผู้กำกับการกองกำกับการ 3 ( ผกก.กก 3) กองบังคับการตำรวจสันติบาล 2 พนักงานสอบสวนในคดีเบิกความเกี่ยวกับรายละเอียดการตรวจเยี่ยมนายอนุพงศ์ ขณะที่ถูกควบคุมตัวอยู่ที่สถานควบคุมพิเศษตำรวจสันติบาล ยืนยันว่า ขณะคุมขัง “ อดีตกำนันโต๊ะเด็ง” ไม่มีร่องรอยถูกซ้อม และนายอนุพงศ์ ยังเคยลงชื่อรับสารภาพ ซัดทอดนักการเมืองระดับชาติ-ท้องถิ่น บงการแบ่งแยกดินแดน
อัยการโจทก์นำพยานขึ้นเบิกความทั้งที่เป็นผู้ต้องหาในคดีปล้นปืน และเผาโรงเรียนที่สั่งไม่ฟ้อง ในจำนวนนี้รวมถึงนายอนุพงศ์ จำเลยในคดีร่วมกันฆ่าตำรวจใต้ด้วย เจ้าหน้าที่ตำรวจชุดจับกุมและตรวจค้น ตำรวจในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดน
4 ต.ค.2548 สืบพยานจำเลยปากแรก นายนัจมุดดีน จำเลยที่ 1 เบิกความปฏิเสธร่วมขบวนการเบอร์ซาตู ยืนยันมูลนิธิปูซาก้า-กลุ่มวาดะ ที่จำเลยมีส่วนร่วมอยู่ด้วยนั้น ไม่เคยเกี่ยวข้องกับรัฐปัตตานี ชี้ “ปูซาก้า” เป็นศูนย์อบรมจริยธรรมศาสนา ส่วน “วาดะห์” หมายถึงเอกภาพโดยการรวมกลุ่มมีวัตถุประสงค์ทางการเมืองเท่านั้น
นายนัจมุดดีน ยอมรับว่า รู้จักนายอนุพงศ์ เพราะต่างฝ่ายต่างเคยลงสมัครเป็น ส.จ. โดยนายนัจมุดดีน เคยลง ส.จ.นราธิวาส พรรคความหวังใหม่ ส่วน นายอนุพงศ์ สมัคร ส.จ.ปัตตานี พรรคประชาธิปัตย์ แต่ที่นายอนุพงศ์ให้การซัดทอดว่าร่วมประชุม 3 ครั้งด้วยกันนั้น นายนัจมุดดีน ปฏิเสธ และยืนยันว่า ในวันเวลาดังกล่าวติดภารกิจอื่นอยู่ และไม่เกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ปล้นปืนกองพันทหารพัฒนาที่ 4 เมื่อวันที่ 4 ม.ค.2547 ด้วย
6 ต.ค.2548 นายวันมูหะมัดนอร์ มะทา รองหัวหน้าพรรคไทยรักไทย ขึ้นเบิกความต่อศาล สรุปว่า ตนเองเป็นหนึ่งในผู้ร่วมก่อตั้งกลุ่มวาดะห์ ซึ่งเป็นกลุ่มผู้ทำงานด้านการเมืองในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ทั้งชาวมุสลิม และชาวพุทธ ไม่มีแนวความคิดในทางต่อต้านรัฐบาล หรือก่อความไม่สงบในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้
นอกจากนี้ ขณะที่ดำรงตำแหน่งรองนายกฯ พยานเคยได้รับจดหมายเปิดผนึก จากนางวันนอร์รียะ ภรรยาของนายอนุพงศ์ ยื่นถึงนายกรัฐมนตรี ว่า นายอนุพงศ์ ถูกเจ้าหน้าที่ตำรวจทารุณกรรม บังคับให้ซัดทอดว่า นายเด่น โต๊ะมีนา นายอารีเพ็ญ อุตรสินธุ์ และจำเลยที่ 1 อยู่เบื้องหลังคดีปล้นปืน ค่ายกองพันทหารพัฒนา และเหตุการณ์ไม่สงบในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้
ส่วน นายอนุพงศ์ พยานรู้จักมาประมาณ 10 ปี เนื่องจากเป็นฐานเสียงให้กับกลุ่มวาดะห์ แต่เท่าที่ทราบ ตัว นายอนุพงศ์ และจำเลยที่ 1 เคยมีเรื่องผิดใจกันหลายครั้งเรื่องการทำงานในพื้นที่
นายวีระ มุสิกพงส์ ส.ส.บัญชีรายชื่อพรรคไทยรักไทย พยานจำเลยเบิกความว่า ได้ร่วมทำงานการเมืองกับ ส.ส.กลุ่มวาดะห์มาตั้งแต่สมัยที่ตนเองเป็นเลขาธิการพรรคประชาธิปัตย์ ไม่เชื่อว่ากลุ่มวาดะห์มีแนวทางการทำงานที่ต่อต้านรัฐบาลหรือแบ่งแยกดินแดนแต่อย่างใด ส่วนจำเลยที่ 1 รู้จักเมื่อจำเลยเป็น ส.ส.นราธิวาส สมัยแรก และเคยทำงานร่วมกันหลายครั้ง ทำให้ส่วนตัวไม่เชื่อว่าจะมีส่วนร่วมในการก่อความไม่สงบในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้
นายเด่น โต๊ะมีนา ส.ว.ปัตตานี ขึ้นเบิกความต่อศาลว่า ตนเป็นหัวหน้ากลุ่มวาดะห์มาโดยตลอดตั้งแต่ปี 2529 – 2542 ก่อนจะลาออกไปสมัครเป็นสมาชิกวุฒิสภา และนายวันมูหะมัดนอร์ ขึ้นเป็นหัวหน้ากลุ่มแทน โดยแนวทางการทำงานของกลุ่มมุ่งพัฒนาท้องถิ่นและไม่เคยเกี่ยวข้องกับการก่อการร้าย โดยพยานเองก็เคยถูกถูกนายอนุพงศ์ ซัดทอดเช่นกันว่ามีส่วนร่วมในคดีปล้นปืน และเหตุการณ์ไม่สงบในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ ต่อมานายอนุพงศ์ ให้การในชั้นศาลว่าถูกเจ้าหน้าที่ตำรวจบังคับให้กล่าวซัดทอดให้ร้าย ตนเอง นายอารีเพ็ญ และจำเลยที่ 1 จึงเชื่อว่า นายมัจมุดดีน ถูกกล่าวให้ร้ายเช่นกัน เพราะโดยนิสัยใจคอไม่เชื่อว่าจำเลยจะมีส่วนเกี่ยวข้อง
หลังจากนั้น ศาลสืบพยานจำเลยเรื่อยมาจนเสร็จสิ้น อาทิ ภรรยาของนายอนุพงศ์ นายอารีเพ็ญ เป็นต้น จนกระทั่งถึงวันศาลนัดพิพากษา
15 ธ.ค.2548 จะเป็นวันชี้ชะตากรรมของพวกจำเลย...ท้องฟ้าจะมืดมิด ด้วยการพิพากษาโทษ ส่งจำเลยเข้าคุก หรือจะส่องสว่างนำทางชีวิต โดยการพิพากษาให้พวกจำเลยพ้นผิด ทั้งหมดขึ้นกับศาลสถิตยุติธรรม......