ราชวงศ์จิ้นตะวันออกก่อตั้งขึ้นหลังจากการอพยพโยกย้ายราชธานีของเหล่าข้าราชสำนักจิ้นลงสู่ภาคใต้ ภายหลังการล่มสลายของราชวงศ์จิ้นตะวันตก ซึ่งแม้ว่าจะยังคงนับเนื่องเป็นราชวงศ์หนึ่งในหน้าประวัติศาสตร์โบราณของจีน แต่แท้จริงแล้ว ขอบข่ายอำนาจการปกครองเพียงสามารถครอบคลุมดินแดนทางตอนใต้ของลำน้ำฉางเจียงเท่านั้น ในช่วงเวลาเดียวกันนี้ บ้านเมืองทางตอนเหนือระส่ำระสายไปด้วยไฟสงครามการแย่งชิงของแว่นแคว้นต่าง ๆภายใต้การนำของกลุ่มชนเผ่าจากนอกด่าน รวมทั้งชาวฮั่นเอง สถานการณ์ความแตกแยกนี้ ยังคงดำเนินไปท่ามกลางการผลุดขึ้นและล่มสลายลงของราชวงศ์จิ้นตะวันออก จวบจนถึงยุคแห่งการตั้งประจันของราชวงศ์เหนือใต้ ซึ่งกินเวลากว่า 300 ปี

สถาปนาจิ้นตะวันออก
ปีคริสตศักราช 316 เมื่อจิ้นหมิ่นตี้ (晋愍帝)ฮ่องเต้องค์สุดท้ายถูกชนเผ่าซงหนูจับเป็นเชลย ราชวงศ์จิ้นตะวันตกก็ถึงกาลอวสาน บรรดาขุนนางเก่าของราชวงศ์จิ้นที่ไม่ยอมรับในชะตากรรม ยังคงมีความเคลื่อนไหวเพื่อกอบกู้สถานการณ์อยู่ทุกหนแห่ง ในปีค.ศ. 317 ภายใต้การสนับสนุนจากเหล่าตระกูลชนชั้นสูงในจงหยวน(ที่ราบภาคกลางบริเวณลุ่มแม่น้ำฮวงโห)และเจียงหนัน(ดินแดนทางตอนใต้ของแม่น้ำฉางเจียงหรือแยงซีเกียง) ซือหม่ารุ่ย (司马睿)ซึ่งขณะนั้นมีตำแหน่งเป็นหลางหย่าหวัง (琅琊王)จึงตั้งตัวขึ้นเป็นกษัตริย์ราชวงศ์จิ้นสืบต่อมา ทรงพระนามว่าจิ้นหยวนตี้ (晋元帝)และสถาปนาเมืองเจี้ยนคัง(เมืองหนันจิงมณฑลเจียงซูในปัจจุบัน) ขึ้นเป็นนครหลวง ถือเป็นจุดเริ่มของจิ้นตะวันออก

จิ้นตะวันออกถึงแม้จะย้ายเมืองหลวงมายังแดนเจียงหนันทางตอนใต้ของจีน แต่เนื่องจากยังคงมีการสืบราชบัลลังก์ต่อมา จึงคงมีความมุ่งหวังที่จะรวมแผ่นดินทางตอนเหนือกลับเข้ามาอีกครั้ง ตลอดยุคสมัยนี้ มีขุนศึกที่อาสายกทัพขึ้นเหนือหลายครั้ง จู่ถี้ปราบอุดรก็เป็นครั้งหนึ่งของความพยายามในการรวมประเทศ
จู่ถี้(祖逖)แต่เดิมอยู่ในกลุ่มตระกูลใหญ่จากทางเหนือ ระยะแรกเมื่ออพยพลงสู่ใต้นั้น เนื่องจากยังมีสมัครพรรคพวกและประชาชนที่ภักดีอยู่ทางเหนือ จึงเห็นว่าการยกทัพขึ้นเหนือมีโอกาสประสบชัยอย่างมาก ดังนั้น ก่อนการประกาศก่อตั้งราชวงศ์จิ้นตะวันออก จึงขอการสนับสนุนจากซือหม่ารุ่ยหรือจิ้นหยวนตี้ในเวลาต่อมา เพื่อปราบกบฏฝ่ายเหนือ ซือหม่ารุ่ยแต่งตั้งจู่ถี้เป็นเจ้าเมืองอี้ว์โจว(豫州)แล้วมอบเสบียงให้จำนวนหนึ่ง จู่ถี้นำกำลังข้ามแม่น้ำไป (เหนือใต้ของจีนกางกั้นด้วยแม่น้ำฉางเจียงหรือแยงซีเกียง) สะกดทัพของสือเล่อ(石勒)อีกทั้งเข้ายึดดินแดนส่วนหนึ่งของแม่น้ำหวงเหอหรือฮวงโหที่อยู่เหนือขึ้นไปไว้ได้ ขณะนั้นเอง ราชสำนักทางตอนใต้เกิดกบฏหวังตุน(王敦)เป็นเหตุให้การยกทัพขึ้นเหนือของจู่ถี้ต้องหยุดชะงักไป จู่ถี้ยามโกรธแค้นถึงกับล้มป่วยและเสียชีวิตลงในปี 321 จากนั้นสือเล่อเข้าโจมตีเอาดินแดนเหอหนันกลับคืนไปได้ แผนการรวมประเทศครั้งนี้จึงล้มเหลวลง

การแก่งแย่งในราชสำนัก
แม้ว่าบ้านเมืองในสมัยราชสำนักจิ้นตะวันออกที่ได้รับการค้ำจุนจากบรรดากองกำลังของตระกูลใหญ่จากจิ้นตะวันตกจะมีการพัฒนาอยู่บ้าง แต่ทว่า ภายในนั้นกลับเต็มไปด้วยความขัดแย้ง จากการแย่งชิงอำนาจระหว่างกลุ่มเจ้าถิ่นที่มีอำนาจแต่เดิมกับกลุ่มอำนาจใหม่ที่โยกย้ายเข้ามา ซึ่งโดยมากฝ่ายตระกูลใหญ่จากจงหยวนเป็นผู้กุมอำนาจรัฐไว้ในมือ ส่วนกลุ่มผู้นำฝ่ายใต้ถูกกีดกันจากวิถีทางการเมือง นอกจากนี้ ยังมีการช่วงชิงระหว่างกลุ่มตระกูลใหญ่กับราชสำนัก หรือแม้แต่กลุ่มตระกูลฝ่ายเหนือด้วยกันเองก็มีการแย่งชิงที่ดุเดือดไม่แพ้กัน
ช่วงระหว่างปีคริสตศักราช 317 - 399 รัชสมัยจิ้นหยวนตี้ถึงจิ้นอันตี้ ถือเป็นช่วงเวลาที่ราชวงศ์จิ้นตะวันออกมีการพัฒนาอย่างค่อยเป็นค่อยไป ถึงแม้ว่าระหว่างนี้มีการก่อความไม่สงบบ้างประปรายแต่ก็ถูกบรรดาขุนนางและกลุ่มตระกูลใหญ่ร่วมกันกดดันให้สลายตัวไปในที่สุด พัฒนาการดังกล่าว ได้ทำให้เกิดกลุ่ม 4 ตระกูลใหญ่ที่ผลัดกันขึ้นกุมอำนาจทางการเมืองในสมัยจิ้นตะวันออก อันได้แก่ ตระกูลหวัง(王)อี่ว์(庾)หวน(桓)เซี่ย(谢)ขณะที่กษัตริย์ไม่มีพระราชอำนาจใด ๆ เป็นเหตุให้บ้านเมืองตกอยู่ในสภาพคลอนแคลน ยากจะก้าวไปข้างหน้า
หลังจากจิ้นหยวนตี้สถาปนาจิ้นตะวันออกแล้ว หวังเต่า(王导)ได้เข้ากุมอำนาจบริหารการปกครองภายใน ส่วนหวังตุน(王敦)ถือกำลังทหารคุมอยู่ภายนอก เป็นเหตุให้จิ้นหยวนตี้รู้สึกถึงการคุกคามจากตระกูลหวัง หลังจากจิ้นหยวนตี้เสด็จสวรรคต จิ้นหมิงตี้(晋明帝)ขึ้นครองบัลลังก์ต่อมา ปี 324 หวังตุนป่วยหนัก หมิงตี้ฉวยโอกาสยกทัพปราบ สุดท้ายหวังตุนป่วยหนักเสียชีวิต กองกำลังที่เหลือถูกกวาดล้างสิ้น

เมื่อถึงรัชสมัยจิ้นเฉิงตี้(晋成帝) อี่ว์เลี่ยง (庾亮)อาศัยฐานะพระเจ้าอาเข้ากุมอำนาจทางการเมืองไว้ ขณะที่อี่ว์เลี่ยงต้องการกีดกันจู่เยว์(祖约)ที่ครองเมืองอี้ว์โจว(豫州) และหวาดระแวงซูจวิ้น(苏峻)ที่มีความชอบจากการปราบหวังตุน เมื่อถึงปี 327 อี่ว์เลี่ยงส่งสาส์นเรียกซูจวิ้นเข้าเมืองหลวง แต่ซูจวิ้นเกรงว่าอี่ว์เลี่ยงจะหาโอกาสกำจัดตน จึงชิงร่วมมือกับจู่เยว์ยกกำลังเข้าเมืองเจี้ยนคัง ต่อมาปี 329 อี่ว์เลี่ยงปราบกบฏซูจวิ้นสำเร็จ ยึดอำนาจคืนได้ทั้งหมด
ชั่วระยะเวลาสั้น ๆที่จิ้นตะวันออกสงบลงนั้น หวนเวิน(桓温)ที่ครองเมืองจิงโจวในรัชสมัยจิ้นมู่ตี้(晋穆帝) ปี 347 ยกทัพปราบแคว้นสู (มณฑลเสฉวนในปัจจุบัน) จากนั้นอาสาบุกขึ้นเหนือเพื่อขยายอำนาจของตน ทำให้ราชสำนักจิ้นหวาดระแวง ต่อมาแม้ว่าภายหลังหวนเวินบุกขึ้นเหนือ 3 ครั้ง รุกคืบแล้วถูกตีกลับคืน สุดท้ายยังคงไม่อาจสำเร็จกิจการใหญ่

การศึกที่ลำน้ำเฝยสุ่ย(肥水之战)
แม้ว่าหวนเวินล้มเหลวในการยกทัพขึ้นเหนือ แต่ยังคงสามารถยึดครองอำนาจทางการเมืองไว้ได้ จวบจนปี 373 หวนเวินล้มป่วยเสียชีวิต เซี่ยอัน(谢安)ซึ่งมาจากกลุ่มทายาทตระกูลใหญ่ จึงเริ่มมีบทบาทสำคัญในการบริหารบ้านเมือง
เซี่ยอันใช้การถ่วงดุลอำนาจและประสานผลประโยชน์ของทุกฝ่าย ช่วยลดการกระทบกระทั่งของหลายฝ่ายลงได้ จึงทำให้ได้รับการสนับสนุนจากราชสำนัก และได้รับการยกย่องอย่างสูง ในช่วงเวลาดังกล่าวจิ้นตะวันออกจึงมีความสงบสุขในชั่วระยะเวลาหนึ่ง
จวบจนปี 382 ฝูเจียน(苻坚)ผู้นำแคว้นเฉียนฉิน(前秦)ทางตอนเหนือ มีกำลังกล้าแข็งขึ้น จึงเรียกระดมกำลังพลครั้งใหญ่บุกลงมาทางใต้ เพื่อหวังรวมแผ่นดินเป็นหนึ่งอีกครั้ง ขณะที่ทัพของฝูเจียนเต็มไปด้วยความฮึกเหิมลำพอง จิ้นตะวันออกก็เตรียมรับมือไว้พร้อมสรรพ สองทัพตั้งประจันกันที่สองฝั่งลำน้ำเฝยสุ่ย และด้วยการประสานของเซี่ยอัน เหล่านายทัพจากกลุ่มตระกูลใหญ่ร่วมมือประสานเสริม จนในที่สุดโจมตีทัพใหญ่ของฝูเจี้ยนแตกพ่ายกลับไป ชัยชนะของฝ่ายใต้ครั้งนี้ ทำให้แผนการรวมประเทศต้องล้มพับไปอีกครั้ง ทางตอนใต้รอดพ้นจากภัยพิบัติครั้งใหญ่ เศรษฐกิจและสังคมได้รับการพัฒนาอย่างต่อเนื่องอีกช่วงหนึ่ง อันเป็นปัจจัยสำคัญสู่การต่อสู้ยึดเยื้อในสงครามแย่งชิงดินแดนที่แบ่งเป็นเหนือใต้ตั้งประจันกันในเวลาต่อมา

บ้านเมืองฟอนเฟะ เหตุแห่งความล่มสลาย
ภายหลังการศึกที่เฝยสุ่ย ทำให้ฝ่ายเหนือแตกแยกกันอีกครั้ง ภาวะภัยคุกคามจากภายนอก(ราชวงศ์จิ้นตะวันออก) ผ่อนคลายลง ข้อขัดแย้งจากการแบ่งชนชั้นการปกครอง การแก่งแย่งอำนาจของชนชั้นสูงและการกดขี่ขูดรีดราษฎรทวีความรุนแรงขึ้นอีกครั้ง
โดยเฉพาะอย่างยิ่งปัญหาการเกณฑ์แรงงาน ในรัชสมัยจิ้นมู่ตี้(晋穆帝)ราษฎรถึงกับยอมเป็นคนพิการ เพราะเพื่อต้องการหลบเลี่ยงการเกณฑ์แรงงาน ชายหนุ่มไม่กล้าตบแต่งภรรยา เมื่อมีบุตรก็ไม่สามารถเลี้ยงดู ชาวนามากมายสิ้นเนื้อประดาตัว จำต้องละทิ้งถิ่นฐาน เพื่อหลบหนีการเกณฑ์แรงงาน
หลังการศึกทีเฝยสุ่ย ทำให้อำนาจทางการเมืองของเซี่ยอันกล้าแข็งขึ้น สะกิดความระแวงของจิ้นเขาอู่ตี้(晋考武帝)จึงหาทางลดอำนาจของเซี่ยอัน แล้วหันไปมอบอำนาจให้กับน้องชาย คือซือหม่าเต้าจื่อ(司马道子)หลังจากที่เซี่ยอันเสียชีวิต ซือหม่าเต้าจื่อเข้ากุมอำนาจทางการทหารแต่ผู้เดียว เปิดศึกแย่งชิงอำนาจกับกลุ่มตระกูลใหญ่อีกครั้ง ภายหลังการหักล้างอย่างดุเดือด สภาพการณ์โดยรวมจึงกลายเป็น หวนเซวียน(桓玄)(บุตรชายของหวนเวิน) คุมกำลังบริเวณตอนกลางของแม่น้ำฉางเจียง หลิวเหลา(刘牢)คุมตอนล่างของแม่น้ำ ขณะที่เกาหย่า(高雅)คุมลำน้ำหวยหนัน ขอบเขตที่ราชสำนักจิ้นสามารถควบคุมจึงเหลือเพียง 8 เมือง
ปีคริสตศักราช 399 ซือหม่าหยวนเสี่ยน(司马元显) สั่งระดมเกณฑ์ทหาร กลับเป็นเหตุให้เกิดจราจล กลุ่มลัทธิเต๋านิกายอู๋โต่วหมี่ได้ทำการก่อหวอดขึ้น กลุ่มแรงงานทาสและชาวนาที่อดอยากต่างก็พากันมาสมทบเพิ่มขึ้นเป็นจำนวนหมื่นแสนอย่างรวดเร็ว พร้อมกันนั้นบรรดาเจ้าที่ดินจากแดนเจียงตงทั้ง 8 เมืองที่ประสบความเสียหายจากการเกณฑ์แรงงานครั้งนี้ ก็ฉวยโอกาสลุกฮือขึ้นเช่นเดียวกัน

ราชสำนักจิ้นตะวันออกเห็นว่ากองกำลังเจียงตงแข็งกล้าขึ้น จึงยกกำลังทหารเข้าล้อมปราบ จวบจนปีค.ศ. 410 จึงถูกกำจัดสิ้น การปราบปรามจลาจลครั้งนี้ ได้ทำให้กำลังทางทหารของราชวงศ์จิ้นตะวันออกอ่อนโทรมลงอย่างมาก เหิงเซวียนที่คุมกำลังอยู่ตอนกลางของลำน้ำฉางเจียงจึงฉวยโอกาสบุกเข้านครหลวงเจี้ยนคัง ปลดฮ่องเต้จิ้นอันตี้(晋安帝)สังหารซือหม่าเต้าจื่อและหยวนเสี่ยนสองพ่อลูก สถาปนาตนเองขึ้นเป็นฮ่องเต้
ขณะนั้นกลุ่มตระกูลใหญ่ที่เคยให้การสนับสนุนต่อราชสำนักจิ้นตะวันออกอยู่ในสภาพเสื่อมโทรม หนึ่งเดียวที่สามารถเข้าต่อกรกับหวนเซวียนได้มีเพียงหลิวอี้ว์(刘裕)ที่มีกำลังเข้มแข็งขึ้นจากผลงานปราบแคว้นโฮ่วเอี้ยนและโฮ่วฉินจากทางเหนือ รวมดินแดนภาคใต้ที่สูญเสียไปกลับเป็นปึกแผ่นอีกครั้ง ปี 418 หลิวอี้ว์ระดมกำลังปราบหวนเซวียนแตกพ่ายไป จากนั้น ตั้งซือหม่าเต๋อเหวิน(司马德文)ขึ้นเป็นกษัตริย์ คืนบัลลังก์ให้กับจิ้นตะวันออก จากนั้นในปี 420 บีบให้ฮ่องเต้สละราชย์ ประกาศสถาปนารัฐซ่ง(宋)แล้วตั้งตนขึ้นเป็นฮ่องเต้ มีพระนามว่า ซ่งอู่ตี้(宋武帝)เป็นอันสิ้นสุดราชวงศ์จิ้นตะวันออก

เนื่องจากราชวงศ์จิ้นตะวันออกย้ายเมืองหลวงมายังเจียงหนันทางตอนใต้ เปิดโอกาสให้บรรดานักปราชญ์ผู้มีความรู้จำนวนมากเดินทางอพยพมาด้วย ทำให้เกิดปฏิสัมพันธ์กับคนทางใต้มากขึ้น เกิดการหลอมรวมทางวัฒนธรรมและสังคมประเพณี รวมทั้งงานฝีมือของทางเหนือและใต้ก็มีการผสมผสานกลมกลืนกัน ทำให้งานฝีมือในยุคจิ้นตะวันออกมีความก้าวหน้าก้าวใหญ่ นอกจากนี้ นับแต่ราชวงศ์วุ่ย ของโจโฉจากยุคสามก๊กเป็นต้นมา ประเทศจีนได้มีวิวัฒนาการด้านตัวอักษรอย่างก้าวกระโดด เมื่อถึงยุคจิ้นตะวันออก จึงกำเนิดปราชญ์ กวีและนักเขียนพู่กันจีนที่มีชื่อมากมาย อาทิ หวังซีจือ(王羲之)เซี่ยหลิงยุ่นว์(谢灵运)เถาหยวนหมิง(陶渊明)เป็นต้น ได้มีการปฏิรูปรูปแบบการเขียนกาพย์กลอนครั้งใหญ่ วางรากฐานให้กับการวิวัฒนาการสู่ยุคทองของวรรณคดีจีนในสมัยราชวงศ์สุยและถังในเวลาต่อมา

สถาปนาจิ้นตะวันออก
ปีคริสตศักราช 316 เมื่อจิ้นหมิ่นตี้ (晋愍帝)ฮ่องเต้องค์สุดท้ายถูกชนเผ่าซงหนูจับเป็นเชลย ราชวงศ์จิ้นตะวันตกก็ถึงกาลอวสาน บรรดาขุนนางเก่าของราชวงศ์จิ้นที่ไม่ยอมรับในชะตากรรม ยังคงมีความเคลื่อนไหวเพื่อกอบกู้สถานการณ์อยู่ทุกหนแห่ง ในปีค.ศ. 317 ภายใต้การสนับสนุนจากเหล่าตระกูลชนชั้นสูงในจงหยวน(ที่ราบภาคกลางบริเวณลุ่มแม่น้ำฮวงโห)และเจียงหนัน(ดินแดนทางตอนใต้ของแม่น้ำฉางเจียงหรือแยงซีเกียง) ซือหม่ารุ่ย (司马睿)ซึ่งขณะนั้นมีตำแหน่งเป็นหลางหย่าหวัง (琅琊王)จึงตั้งตัวขึ้นเป็นกษัตริย์ราชวงศ์จิ้นสืบต่อมา ทรงพระนามว่าจิ้นหยวนตี้ (晋元帝)และสถาปนาเมืองเจี้ยนคัง(เมืองหนันจิงมณฑลเจียงซูในปัจจุบัน) ขึ้นเป็นนครหลวง ถือเป็นจุดเริ่มของจิ้นตะวันออก
จิ้นตะวันออกถึงแม้จะย้ายเมืองหลวงมายังแดนเจียงหนันทางตอนใต้ของจีน แต่เนื่องจากยังคงมีการสืบราชบัลลังก์ต่อมา จึงคงมีความมุ่งหวังที่จะรวมแผ่นดินทางตอนเหนือกลับเข้ามาอีกครั้ง ตลอดยุคสมัยนี้ มีขุนศึกที่อาสายกทัพขึ้นเหนือหลายครั้ง จู่ถี้ปราบอุดรก็เป็นครั้งหนึ่งของความพยายามในการรวมประเทศ
จู่ถี้(祖逖)แต่เดิมอยู่ในกลุ่มตระกูลใหญ่จากทางเหนือ ระยะแรกเมื่ออพยพลงสู่ใต้นั้น เนื่องจากยังมีสมัครพรรคพวกและประชาชนที่ภักดีอยู่ทางเหนือ จึงเห็นว่าการยกทัพขึ้นเหนือมีโอกาสประสบชัยอย่างมาก ดังนั้น ก่อนการประกาศก่อตั้งราชวงศ์จิ้นตะวันออก จึงขอการสนับสนุนจากซือหม่ารุ่ยหรือจิ้นหยวนตี้ในเวลาต่อมา เพื่อปราบกบฏฝ่ายเหนือ ซือหม่ารุ่ยแต่งตั้งจู่ถี้เป็นเจ้าเมืองอี้ว์โจว(豫州)แล้วมอบเสบียงให้จำนวนหนึ่ง จู่ถี้นำกำลังข้ามแม่น้ำไป (เหนือใต้ของจีนกางกั้นด้วยแม่น้ำฉางเจียงหรือแยงซีเกียง) สะกดทัพของสือเล่อ(石勒)อีกทั้งเข้ายึดดินแดนส่วนหนึ่งของแม่น้ำหวงเหอหรือฮวงโหที่อยู่เหนือขึ้นไปไว้ได้ ขณะนั้นเอง ราชสำนักทางตอนใต้เกิดกบฏหวังตุน(王敦)เป็นเหตุให้การยกทัพขึ้นเหนือของจู่ถี้ต้องหยุดชะงักไป จู่ถี้ยามโกรธแค้นถึงกับล้มป่วยและเสียชีวิตลงในปี 321 จากนั้นสือเล่อเข้าโจมตีเอาดินแดนเหอหนันกลับคืนไปได้ แผนการรวมประเทศครั้งนี้จึงล้มเหลวลง
การแก่งแย่งในราชสำนัก
แม้ว่าบ้านเมืองในสมัยราชสำนักจิ้นตะวันออกที่ได้รับการค้ำจุนจากบรรดากองกำลังของตระกูลใหญ่จากจิ้นตะวันตกจะมีการพัฒนาอยู่บ้าง แต่ทว่า ภายในนั้นกลับเต็มไปด้วยความขัดแย้ง จากการแย่งชิงอำนาจระหว่างกลุ่มเจ้าถิ่นที่มีอำนาจแต่เดิมกับกลุ่มอำนาจใหม่ที่โยกย้ายเข้ามา ซึ่งโดยมากฝ่ายตระกูลใหญ่จากจงหยวนเป็นผู้กุมอำนาจรัฐไว้ในมือ ส่วนกลุ่มผู้นำฝ่ายใต้ถูกกีดกันจากวิถีทางการเมือง นอกจากนี้ ยังมีการช่วงชิงระหว่างกลุ่มตระกูลใหญ่กับราชสำนัก หรือแม้แต่กลุ่มตระกูลฝ่ายเหนือด้วยกันเองก็มีการแย่งชิงที่ดุเดือดไม่แพ้กัน
ช่วงระหว่างปีคริสตศักราช 317 - 399 รัชสมัยจิ้นหยวนตี้ถึงจิ้นอันตี้ ถือเป็นช่วงเวลาที่ราชวงศ์จิ้นตะวันออกมีการพัฒนาอย่างค่อยเป็นค่อยไป ถึงแม้ว่าระหว่างนี้มีการก่อความไม่สงบบ้างประปรายแต่ก็ถูกบรรดาขุนนางและกลุ่มตระกูลใหญ่ร่วมกันกดดันให้สลายตัวไปในที่สุด พัฒนาการดังกล่าว ได้ทำให้เกิดกลุ่ม 4 ตระกูลใหญ่ที่ผลัดกันขึ้นกุมอำนาจทางการเมืองในสมัยจิ้นตะวันออก อันได้แก่ ตระกูลหวัง(王)อี่ว์(庾)หวน(桓)เซี่ย(谢)ขณะที่กษัตริย์ไม่มีพระราชอำนาจใด ๆ เป็นเหตุให้บ้านเมืองตกอยู่ในสภาพคลอนแคลน ยากจะก้าวไปข้างหน้า
หลังจากจิ้นหยวนตี้สถาปนาจิ้นตะวันออกแล้ว หวังเต่า(王导)ได้เข้ากุมอำนาจบริหารการปกครองภายใน ส่วนหวังตุน(王敦)ถือกำลังทหารคุมอยู่ภายนอก เป็นเหตุให้จิ้นหยวนตี้รู้สึกถึงการคุกคามจากตระกูลหวัง หลังจากจิ้นหยวนตี้เสด็จสวรรคต จิ้นหมิงตี้(晋明帝)ขึ้นครองบัลลังก์ต่อมา ปี 324 หวังตุนป่วยหนัก หมิงตี้ฉวยโอกาสยกทัพปราบ สุดท้ายหวังตุนป่วยหนักเสียชีวิต กองกำลังที่เหลือถูกกวาดล้างสิ้น
เมื่อถึงรัชสมัยจิ้นเฉิงตี้(晋成帝) อี่ว์เลี่ยง (庾亮)อาศัยฐานะพระเจ้าอาเข้ากุมอำนาจทางการเมืองไว้ ขณะที่อี่ว์เลี่ยงต้องการกีดกันจู่เยว์(祖约)ที่ครองเมืองอี้ว์โจว(豫州) และหวาดระแวงซูจวิ้น(苏峻)ที่มีความชอบจากการปราบหวังตุน เมื่อถึงปี 327 อี่ว์เลี่ยงส่งสาส์นเรียกซูจวิ้นเข้าเมืองหลวง แต่ซูจวิ้นเกรงว่าอี่ว์เลี่ยงจะหาโอกาสกำจัดตน จึงชิงร่วมมือกับจู่เยว์ยกกำลังเข้าเมืองเจี้ยนคัง ต่อมาปี 329 อี่ว์เลี่ยงปราบกบฏซูจวิ้นสำเร็จ ยึดอำนาจคืนได้ทั้งหมด
ชั่วระยะเวลาสั้น ๆที่จิ้นตะวันออกสงบลงนั้น หวนเวิน(桓温)ที่ครองเมืองจิงโจวในรัชสมัยจิ้นมู่ตี้(晋穆帝) ปี 347 ยกทัพปราบแคว้นสู (มณฑลเสฉวนในปัจจุบัน) จากนั้นอาสาบุกขึ้นเหนือเพื่อขยายอำนาจของตน ทำให้ราชสำนักจิ้นหวาดระแวง ต่อมาแม้ว่าภายหลังหวนเวินบุกขึ้นเหนือ 3 ครั้ง รุกคืบแล้วถูกตีกลับคืน สุดท้ายยังคงไม่อาจสำเร็จกิจการใหญ่
การศึกที่ลำน้ำเฝยสุ่ย(肥水之战)
แม้ว่าหวนเวินล้มเหลวในการยกทัพขึ้นเหนือ แต่ยังคงสามารถยึดครองอำนาจทางการเมืองไว้ได้ จวบจนปี 373 หวนเวินล้มป่วยเสียชีวิต เซี่ยอัน(谢安)ซึ่งมาจากกลุ่มทายาทตระกูลใหญ่ จึงเริ่มมีบทบาทสำคัญในการบริหารบ้านเมือง
เซี่ยอันใช้การถ่วงดุลอำนาจและประสานผลประโยชน์ของทุกฝ่าย ช่วยลดการกระทบกระทั่งของหลายฝ่ายลงได้ จึงทำให้ได้รับการสนับสนุนจากราชสำนัก และได้รับการยกย่องอย่างสูง ในช่วงเวลาดังกล่าวจิ้นตะวันออกจึงมีความสงบสุขในชั่วระยะเวลาหนึ่ง
จวบจนปี 382 ฝูเจียน(苻坚)ผู้นำแคว้นเฉียนฉิน(前秦)ทางตอนเหนือ มีกำลังกล้าแข็งขึ้น จึงเรียกระดมกำลังพลครั้งใหญ่บุกลงมาทางใต้ เพื่อหวังรวมแผ่นดินเป็นหนึ่งอีกครั้ง ขณะที่ทัพของฝูเจียนเต็มไปด้วยความฮึกเหิมลำพอง จิ้นตะวันออกก็เตรียมรับมือไว้พร้อมสรรพ สองทัพตั้งประจันกันที่สองฝั่งลำน้ำเฝยสุ่ย และด้วยการประสานของเซี่ยอัน เหล่านายทัพจากกลุ่มตระกูลใหญ่ร่วมมือประสานเสริม จนในที่สุดโจมตีทัพใหญ่ของฝูเจี้ยนแตกพ่ายกลับไป ชัยชนะของฝ่ายใต้ครั้งนี้ ทำให้แผนการรวมประเทศต้องล้มพับไปอีกครั้ง ทางตอนใต้รอดพ้นจากภัยพิบัติครั้งใหญ่ เศรษฐกิจและสังคมได้รับการพัฒนาอย่างต่อเนื่องอีกช่วงหนึ่ง อันเป็นปัจจัยสำคัญสู่การต่อสู้ยึดเยื้อในสงครามแย่งชิงดินแดนที่แบ่งเป็นเหนือใต้ตั้งประจันกันในเวลาต่อมา
บ้านเมืองฟอนเฟะ เหตุแห่งความล่มสลาย
ภายหลังการศึกที่เฝยสุ่ย ทำให้ฝ่ายเหนือแตกแยกกันอีกครั้ง ภาวะภัยคุกคามจากภายนอก(ราชวงศ์จิ้นตะวันออก) ผ่อนคลายลง ข้อขัดแย้งจากการแบ่งชนชั้นการปกครอง การแก่งแย่งอำนาจของชนชั้นสูงและการกดขี่ขูดรีดราษฎรทวีความรุนแรงขึ้นอีกครั้ง
โดยเฉพาะอย่างยิ่งปัญหาการเกณฑ์แรงงาน ในรัชสมัยจิ้นมู่ตี้(晋穆帝)ราษฎรถึงกับยอมเป็นคนพิการ เพราะเพื่อต้องการหลบเลี่ยงการเกณฑ์แรงงาน ชายหนุ่มไม่กล้าตบแต่งภรรยา เมื่อมีบุตรก็ไม่สามารถเลี้ยงดู ชาวนามากมายสิ้นเนื้อประดาตัว จำต้องละทิ้งถิ่นฐาน เพื่อหลบหนีการเกณฑ์แรงงาน
หลังการศึกทีเฝยสุ่ย ทำให้อำนาจทางการเมืองของเซี่ยอันกล้าแข็งขึ้น สะกิดความระแวงของจิ้นเขาอู่ตี้(晋考武帝)จึงหาทางลดอำนาจของเซี่ยอัน แล้วหันไปมอบอำนาจให้กับน้องชาย คือซือหม่าเต้าจื่อ(司马道子)หลังจากที่เซี่ยอันเสียชีวิต ซือหม่าเต้าจื่อเข้ากุมอำนาจทางการทหารแต่ผู้เดียว เปิดศึกแย่งชิงอำนาจกับกลุ่มตระกูลใหญ่อีกครั้ง ภายหลังการหักล้างอย่างดุเดือด สภาพการณ์โดยรวมจึงกลายเป็น หวนเซวียน(桓玄)(บุตรชายของหวนเวิน) คุมกำลังบริเวณตอนกลางของแม่น้ำฉางเจียง หลิวเหลา(刘牢)คุมตอนล่างของแม่น้ำ ขณะที่เกาหย่า(高雅)คุมลำน้ำหวยหนัน ขอบเขตที่ราชสำนักจิ้นสามารถควบคุมจึงเหลือเพียง 8 เมือง
ปีคริสตศักราช 399 ซือหม่าหยวนเสี่ยน(司马元显) สั่งระดมเกณฑ์ทหาร กลับเป็นเหตุให้เกิดจราจล กลุ่มลัทธิเต๋านิกายอู๋โต่วหมี่ได้ทำการก่อหวอดขึ้น กลุ่มแรงงานทาสและชาวนาที่อดอยากต่างก็พากันมาสมทบเพิ่มขึ้นเป็นจำนวนหมื่นแสนอย่างรวดเร็ว พร้อมกันนั้นบรรดาเจ้าที่ดินจากแดนเจียงตงทั้ง 8 เมืองที่ประสบความเสียหายจากการเกณฑ์แรงงานครั้งนี้ ก็ฉวยโอกาสลุกฮือขึ้นเช่นเดียวกัน
ราชสำนักจิ้นตะวันออกเห็นว่ากองกำลังเจียงตงแข็งกล้าขึ้น จึงยกกำลังทหารเข้าล้อมปราบ จวบจนปีค.ศ. 410 จึงถูกกำจัดสิ้น การปราบปรามจลาจลครั้งนี้ ได้ทำให้กำลังทางทหารของราชวงศ์จิ้นตะวันออกอ่อนโทรมลงอย่างมาก เหิงเซวียนที่คุมกำลังอยู่ตอนกลางของลำน้ำฉางเจียงจึงฉวยโอกาสบุกเข้านครหลวงเจี้ยนคัง ปลดฮ่องเต้จิ้นอันตี้(晋安帝)สังหารซือหม่าเต้าจื่อและหยวนเสี่ยนสองพ่อลูก สถาปนาตนเองขึ้นเป็นฮ่องเต้
ขณะนั้นกลุ่มตระกูลใหญ่ที่เคยให้การสนับสนุนต่อราชสำนักจิ้นตะวันออกอยู่ในสภาพเสื่อมโทรม หนึ่งเดียวที่สามารถเข้าต่อกรกับหวนเซวียนได้มีเพียงหลิวอี้ว์(刘裕)ที่มีกำลังเข้มแข็งขึ้นจากผลงานปราบแคว้นโฮ่วเอี้ยนและโฮ่วฉินจากทางเหนือ รวมดินแดนภาคใต้ที่สูญเสียไปกลับเป็นปึกแผ่นอีกครั้ง ปี 418 หลิวอี้ว์ระดมกำลังปราบหวนเซวียนแตกพ่ายไป จากนั้น ตั้งซือหม่าเต๋อเหวิน(司马德文)ขึ้นเป็นกษัตริย์ คืนบัลลังก์ให้กับจิ้นตะวันออก จากนั้นในปี 420 บีบให้ฮ่องเต้สละราชย์ ประกาศสถาปนารัฐซ่ง(宋)แล้วตั้งตนขึ้นเป็นฮ่องเต้ มีพระนามว่า ซ่งอู่ตี้(宋武帝)เป็นอันสิ้นสุดราชวงศ์จิ้นตะวันออก
เนื่องจากราชวงศ์จิ้นตะวันออกย้ายเมืองหลวงมายังเจียงหนันทางตอนใต้ เปิดโอกาสให้บรรดานักปราชญ์ผู้มีความรู้จำนวนมากเดินทางอพยพมาด้วย ทำให้เกิดปฏิสัมพันธ์กับคนทางใต้มากขึ้น เกิดการหลอมรวมทางวัฒนธรรมและสังคมประเพณี รวมทั้งงานฝีมือของทางเหนือและใต้ก็มีการผสมผสานกลมกลืนกัน ทำให้งานฝีมือในยุคจิ้นตะวันออกมีความก้าวหน้าก้าวใหญ่ นอกจากนี้ นับแต่ราชวงศ์วุ่ย ของโจโฉจากยุคสามก๊กเป็นต้นมา ประเทศจีนได้มีวิวัฒนาการด้านตัวอักษรอย่างก้าวกระโดด เมื่อถึงยุคจิ้นตะวันออก จึงกำเนิดปราชญ์ กวีและนักเขียนพู่กันจีนที่มีชื่อมากมาย อาทิ หวังซีจือ(王羲之)เซี่ยหลิงยุ่นว์(谢灵运)เถาหยวนหมิง(陶渊明)เป็นต้น ได้มีการปฏิรูปรูปแบบการเขียนกาพย์กลอนครั้งใหญ่ วางรากฐานให้กับการวิวัฒนาการสู่ยุคทองของวรรณคดีจีนในสมัยราชวงศ์สุยและถังในเวลาต่อมา