หลังจากเสร็จสิ้นงาน พระราชทานเพลิงพระศพสมเด็จพระสังฆราช อย่างสมพระเกียรติแล้ว ในส่วนของวัดบวรนิเวศวิหาร จะมีการอัญเชิญพระอัฐิและพระสรีรางคารของพระองค์ ไปประดิษฐานยัง “พระสุสาน” ของวัด ซึ่งเป็นประเพณีถือปฏิบัติกันมาตั้งแต่เจ้าอาวาสองค์แรกของวัดมาจนถึงปัจจุบันนี้
วัดบวรนิเวศวิหาร เดิมชื่อ “วัดใหม่” สร้างในพื้นที่บริเวณทิศเหนือของพระนคร ใกล้กับวัดรังษีสุทธาวาส ที่สมเด็จเจ้าฟ้ากรมขุนอิศรานุรักษ์ ทรงสร้างตั้งแต่สมัยรัชการที่ 2 การสถานปนาวัดเมื่อแรกเริ่มนั้น สมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาศักดิพลเสพย์ ทรงสร้างพระอุโบสถขึ้นก่อน ลักษณะเป็นอาคารจตุรมุข ซึ่งมีมุขหน้ายาว มุขข้างและมุขหลังสั้น แต่ได้ผูกพัทธสีมาเฉพาะมุขหน้าเท่านั้น โดยได้อัญเชิญหลวงพ่อโต จากวัดสระตะพาน จังหวัดเพชรบุรี มาประดิษฐานเป็นพระประธานในพระอุโบสถ ขนานนามว่า'พระสุวรรณเขต'
นับตั้งแต่เริ่มตั้งขึ้น พระอารามหลวงแห่งนี้มีเจ้าอาวาสมาแล้วทั้งสิ้น 6 พระองค์/รูป โดยทรงเป็นพระสังฆราชถึง 4 พระองค์คือ พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรมหามงกุฎ พระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว, สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาปวเรศวริยาลงกรณ์ เป็นสมเด็จพระสังฆราชพระองค์ที่ 8 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์, สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส เป็นสมเด็จพระสังฆราชพระองค์ที่10, สมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ เป็นสมเด็จพระสังฆราชพระองค์ที่ 13, พระพรหมมุนีและสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก (เจริญ สุวฑฺฒโน) เป็นสมเด็จพระสังฆราชพระองค์ที่ 19
ครั้งเมื่อท่านเจ้าอาวาสและสมเด็จพระสังฆราชทุกพระองค์สิ้นพระชนม์ชีพแล้ว ทางวัดบวรฯ จะมีประเพณีในการเก็บพระอัฐิและพระสรีรางคารไว้ในสุสานของวัด ซึ่งถือปฏิบัติมาตั้งแต่ท่านเจ้าอาวาสพระองค์แรก ในเรื่องนี้ ดร. พระศากยวงศ์วิสุทธิ์ (อนิลมาน ธมฺมสากิโย) ได้อธิบายให้กระจ่างว่า
“วันอาทิตย์ที่ 20 หลังจากบำเพ็ญพระราชกุศลพระอัฐิและพระสรีรางคารแล้ว จะมีการบรรจุพระอัฐิกับบรรจุพระสรีรางคาง สำหรับพระอัฐิจะบรรจุในเจดีย์องค์เล็ก (พระโกศ) และจะอัญเชิญขึ้นไว้ที่ตำหนักเดิม เป็นที่ตั้งของพระอัฐิเจ้าอาวาสทั้งหมดของวัด ซึ่งตั้งอยู่ตำหนักเดิมด้านข้างของตำหนักเพ็ชร โดยมีที่เก็บพระอัฐิเป็นห้องๆ”
“ตำหนักเดิม” เคยเป็นที่ประทับของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สร้างขึ้น ในขณะที่ พระองค์ทรงครองวัดบวรนิเวศวิหาร เป็นสถาปัตยกรรมรัตนโกสินทร์ตอนต้น ที่ได้รับอิทธิพลแบบยุโรป
ส่วนพระสรีรางคารจะอัญเชิญไปประดิษฐานไว้ที่ "วิหารเก๋ง" ซึ่งตั้งอยู่ด้านทิศใต้ สร้างขึ้นในรัชกาลที่ 4โดยมีพระราชประสงค์ให้เป็นที่สำหรับประดิษฐานพระพุทธรูปฉลองพระองค์ของเจ้าอาวาสวัดบวรฯเป็นวิหารลักษณะทรงเก๋งจีน โปรดให้ประดับตกแต่งด้วยลวดลายอย่างจีน เขียนภาพจิตรกรรมเรื่องสามก๊กที่ผนังทั้ง 4 ด้าน
สำหรับพระสรีรางคารของ สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช นั้น ดร.พระศากยวงศ์วิสุทธิ์ กล่าวว่า
“ส่วนพระสรีรางคารจะอัญเชิญไปประดิษฐานไว้ที่วิหารเก๋ง ด้านทิศใต้ ซึ่งจะมีซุ้มอยู่ ตรงนั้น บนแท่นจะมีพระพุทธชินสีห์จำลอง ซึ่งสร้างหล่อไว้ตั้งแต่เมื่อปีที่ สมเด็จพระสังฆราช ครบ 84 พรรษา โดยใต้ฐานจะเป็นที่ตั้งพระสรีรางคาร”
นอกจากนี้ ภายในวิหารเก๋งยังประดิษฐานพระสรีรางคารของพระสังฆราชพระองค์อื่น อาทิ สมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ พระสรีรางคารจะอยู่ที่ฐานมุขด้านทิศตะวันออก บนฐานคือพระพุทธฑีฆายุมหามงคล หรือที่รู้จักกันในชื่อ “หลวงพ่อดำ” เป็นพระพุทธรูปปางมารวิชัย ส่วนพระสรีรางคารของ สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาปวเรศวริยาลงกรณ์ จะประดิษฐานบนพระพุทธปัญญาอัคคะ และพระสรีรางคารของ สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ประดิษฐานในฐานพระพุทธไสยาสน์ เป็นต้น
เมื่อถามถึงรับสั่งของสมเด็จพระสัฆราชเกี่ยวกับพระอัฐินั้น ดร.พระศากยวงศ์วิสุทธิ์กล่าวว่า “สมเด็จพระสังฆราชเคยรับสั่งว่า รุ่นเราอาจจะยังเคารพอยู่ พอหลายๆ ปีผ่านไปแล้วเดี๋ยวจะเป็นภาระแก่ญาติ เพราะฉะนั้น ถ้าหากไปไว้ที่วัด อยู่ในพระเจดีย์ ญาติคนไหนที่จะทำบุญก็มาทำก็ได้”
อย่างไรก็ตาม ยังมีอีกหลายหน่วยงานที่มีความประสงค์จะอัญเชิญพระอัฐิของสมเด็จพระสังฆราชไปบูชา อาทิ วัดเทวสังฆาราม ซึ่งเป็นวัดเดิมของท่านที่กาญจนบุรี, วัดญาณสังวรารามฯ ซึ่งเป็นวัดที่ทรงสร้างที่ชลบุรี หรือว่าแม้กระทั่งที่ประเทศอินโดนีเซีย ซึ่งเป็นสถานที่ๆ พระองค์ทรงเสด็จไปฟื้นฟูพระพุทธศาสนา
แม้กระทั่ง ทางคณะในนามของผู้นำชาวพุทธโลก 41 ประเทศ ที่มีสำนักงานใหญ่อยู่ที่ญี่ปุ่น ซึ่งสมเด็จพระสัฆราชทรงเป็นผู้ร่วมก่อตั้งองค์กรนี้ ก็ขอแบ่งอัญเชิญพระอัฐิ เพื่อที่จะไปตั้งประดิษฐาน เพื่อที่เขาจะได้ทำบุญ
อย่างไรก็ตาม ดร.พระศากยวงศ์วิสุทธิ์ กล่าวทิ้งท้ายในเรื่องนี้ว่า “ทั้งนี้ ต้องขึ้นอยู่กับว่าทางกรรมการวัดจะพิจารณาอย่างไร”
